在肛周脓肿做一次性治疗以后，术后的伤口大概得4-6周的时间进行愈合，有些病人的病情更为复杂的，所以可能时间会更长，比如脓肿深、范围大、高位脓肿、复杂性脓肿等这些疾病的愈合时间就要延长了。
肛周脓肿治疗手术，通场是不会形成肛瘘，病人应创面慢慢恢复。应该注意清淡饮食，禁食辛辣刺激性食物，保持大便通畅及肛周清洁，便后可用花椒水清洗肛周，避免久蹲，定期换药。
肛周脓肿术，主要就是一期手术和切开引流术。是一期手术就是切开排脓、清创后，在肛窦部借助探针或者其他医学设备寻找脓肿的原发感染内口，一次治疗成功，避免了再次手术。
肛周脓肿治疗后有的还会发复，如果反复复发，不排除有肛瘘的可能。有的是这处肛周脓肿愈合，而其他部位再发的可能，这都是有可能的。手术后要做好护理，平时避免辛辣食物，避免久坐，避免便秘。注意肛门清洁。应用消炎洗剂清洗后，定期对医院肛肠手术进行消毒伤口，减少肛瘘的发生。
肛周脓肿手术的步骤，第一步是摆体位，根据病人肛周脓肿的具体位置，比如左侧或右侧，选择合适的卧位，方便手术操作。第二步是麻醉，肛周脓肿下可以在局麻下完成，做好充分的麻醉，可以使手术时，病人不感觉到疼痛。第三是消毒，采用碘伏消毒液，清洗肛门周围、会阴部及直肠黏膜。第四步是手术，切开脓肿表面波动感最强的部位，清除脓腔坏死物，做好充分引流，完成手术。
肛周脓肿引流术，意思就将脓开最薄弱处切开引流，而并不处理内口。而肛周脓肿的根治术，手术时需要明确内口的位置，然后切开引流时，放射状连同内口一并切开处理，这样就可以防止术后形成肛瘘，避免二期肛瘘手术。目前在临床上大多以肛周脓肿根治术为主。