脑干梗塞重度昏迷可能会导致严重的后果，使病人出现呼吸衰竭而死、意识不强等。需要立即送到ICU进行严密的监护和维持，并对其进行气管切开、气管插管、呼吸机辅助呼吸。在药物方面，可加强脱水，降低脑内压力，减轻脑干水肿。对符合要求的患者行消融栓塞，无溶栓的患者行微循环、促进侧支循环、抗血小板聚集等措施。可以口服纳洛酮、醒脑宁等药物，如果出现高烧，可以使用冰帽进行物理治疗。对多种复杂的疾病进行治疗，保持器官的正常运作。
脑干梗死病人临床上通常昏迷时间较长。当脑干梗塞发生时，脑干是人体的呼吸中枢。如果脑干出现严重梗塞，导致脑干交叉瘫痪，也会发生永久性昏迷。首先，当临床上发生脑梗塞时，必须考虑颜色区域的大小。如果轻微梗塞可以在大约7到15天内发生。
一般情况下，脑干梗塞昏迷有痰有办法治疗，可以通过药物治疗、日常护理等方式进行治疗。具体情况分析如下：
脑干患者出现梗塞的时候会出现昏迷、痰多的情况，这可能是肺部感染，目前还没有有效的治疗方法。通常可通过药物和护理来改善患者的症状，让患者的病情好转。治疗以脑梗为主，根据患者有痰，肺部感染等症状给予抗炎化痰治疗。在此期间要做好翻身、扣背、吸痰治疗。使用消炎化痰的药物，雾化、湿化气道，这些药物的使用都是非常重要的。脑干梗塞是临床上比较危险的一种疾病，而且患者已经出现了昏迷的症状，所以一定要对症用药。
脑干梗塞早期很难根治，如果超早期达到溶栓的适应症，可以进行溶栓，如果效果好，可以溶解血管中的血栓，让血管重新开放，不会留下较大的后遗症。
但对于梗死面积大，血管动脉硬化严重，不稳定斑块破裂的病人，即使提前进行溶栓，一般也会留下一些后遗症，比如吞咽困难，肢体活动不良，麻木，偏瘫，语言迟钝，饮水呛咳等等。
脑干梗塞的危险期是在第二天到第八天，危险期间要时刻注意，治疗要改善循环血液供应状态以及维持生命体征和预防并发症，这种病要积极治疗，要选择手术治疗，也可以选择中药调节。
