生殖器疱疹是不可治好的终身性疾病，临床上的皮损可以自行痊愈，病程数天到2-3周不等，但皮损的愈合并不代表疾病的控制以及减少疾病的传播和复发。对于初发患者，抗病毒治疗可以有效缩短病程，建议生殖器疱疹患者在疾病的发作期间和复发期间，需要药物干预，即使生殖器疱疹的皮损可以自行痊愈，但仍然强调进行抑制性抗病毒治疗和发作期抗病毒治疗，对于预防疾病的复发和缩短病程有重要意义。
生殖器疱疹潜伏期大多是在3个月左右，治好之后，如果3个月之后没有复发的话，这个说明已经治好了，如果没有其他异常，可以暂时观察好了，以后不会再传了。也可以到医院皮肤科再复查一下hsv抗体检查看出有异常，按照检查采取治疗。如果检查结果是阴性，是正常的，不必过于担心了。
生殖器疱疹是属于易感染，易复发的疾病，暂时没有完全有效的治愈方法。患者可服用药物进行抑制，需长期用药，该类药物长期服用不会对身体产生不利影响，持续用药可降低复发率。
一般药物只是起到辅助的作用的，不能达到完全杀死病毒的目的，此外，长期服用口服药物，对身体各个器官会产生一定损害的。常规治疗的药物治疗可以去除表面症状，但生殖器疱疹是由病毒引起的，单纯的去除表面症状，对清除体内病毒没有什么意义，皮下潜伏的病毒仍然存在，还是会复发。因此只有把皮下潜伏的病毒彻底根除，才算真正的治好。目前还没有很好的排毒药物要想治好这种疾病，一定要采用科学的疗法对病毒进行清除。
病毒培养自水泡底取标本，女性还可从宫颈部位取材，作组织培养分离病毒，此法敏感，结果特异，为诊断的金标准。但此法所需技术条件高，从接种到做出鉴定所需时间为3～5天。培养的阳性率为60%～90%。因此培养阴性不能除外生殖器疱疹。