牙根囊肿通过手术来进行治疗，手术的方案需要看囊肿的位置、大小确定。如果是在前牙区且囊肿比较小，先进行根管治疗，通过手术切开翻瓣暴露囊肿，进行囊肿切除，同时去除囊肿内的根尖部分。再进行倒根充和封闭根尖孔，防止囊肿复发。
牙根囊肿不治疗容易出现反复炎症复发造成牙齿龋齿等不适的症状，还会影响咀嚼功能，口臭等不适的症状。需要尽快到正规医院的口腔科做囊肿的治疗，必要时还考虑拔牙，平时一定要养成良好的口腔卫生习惯，刷牙配合使用牙线继续刷，去除食物嵌塞的残渣。
牙根肿痛最重要的做法就是进行开髓，以及打开根尖孔进行引流，将根尖孔外的脓液完全从髓腔排除干净，牙根肿痛的情况就会消失，然后配合以根管治疗，将牙根彻底治疗好，感染物质彻底的清除。
根尖囊肿是根尖周炎发展到后期而形成的囊肿，一般根尖周囊肿如果涉及到1个牙位或者2个牙位的，这种囊肿范围比较小，手术比较快，可以在牙龈局部浸润麻醉的情况下完成根尖囊肿的摘除术。
引起牙龈肿痛的病理因素主要包括牙龈脓肿、牙周脓肿、智齿冠周炎或根尖周炎等，最为常见是牙周脓肿引起的病症，年轻人多见智齿冠周炎。病人本身往往存在牙龈或牙周组织慢性炎症，当机体抵抗力下降，天气干燥，进食味道辛辣刺激的食物或患有全身系统性疾病。
一般轻微的牙龈肿痛用盐水漱口，可以起到消炎的作用，如果用盐水漱口几天，症状没有缓解，就需要到口腔科医院进行检查。因为如果是炎症引起的，需要口服消炎药如阿莫西林胶囊、头孢等。