检查的当天九点左右服用第一盒药，将药物放在1000毫升-1500毫升的温水冲开，半小时内喝完，1十点半开始服用第二盒药，方法和第一盒相同，服药1小时-2小时后开始腹泻，大便成为水样便时，就可以进行肠镜检查。
肠镜检查主要是通过内窥镜检查观察肠粘膜是否有问题。因此，良好的视野是对特定病变进行检查和清晰观察的基本条件。然后根据数量安排具体的检查时间，然后做肠道准备，喝泻药，然后进行检查。
首先和医生约好检查时间，做好肠道准备，主要是清洁洗肠。一般提前1-3天吃少渣低纤维素饮食，不要吃带皮、带子、带壳食物，也不要吃长茎叶蔬菜。检查前五小时口服清肠药物，喝大量的水，进行腹泻，一直拉到只拉清水，没有粪渣。
做肠镜需要做肠道准备，提前1-3天不要吃多渣多纤维的饮食，不要吃带皮、带籽、带壳食物，不要吃长茎叶蔬菜。排空粪便，避免遮挡肠壁，影响观察效果。便秘，更应该尽早流质饮食，减少食物残留。
在做肠镜前一天就只能吃无渣半流质饮食，在做肠镜的当天不能吃任何东西，如果怕出现心慌、出冷汗、眼花等低血糖反应，可以适当准备一些棒棒糖或者冰糖含服，对于有糖尿病等需要服用降糖药的人，由于在做肠镜的当天没有进食，就不需要服用降糖药，以免诱发低血糖。
到时间检查结肠镜，医生先把镜子由肛门插入先进镜，一直到回肠末段，然后边退镜，边观察肠腔内的情况，有可疑的病灶，直接取病理活检。一直观察到直肠、肛门，拔出镜子检查结束。