通常情况下，下蹲厕所膝关节酸痛可能是半月板损伤、关节炎等原因导致的。具体情况分析如下：
1.半月板损伤：半月板损伤指旋转力、挤压、半月板自身疾病等因素导致半月板破裂，常见的症状为关节疼痛，可能会导致下蹲厕所膝关节酸痛。
2.关节炎：关节炎泛指发生在人体关节及其周围组织，由多种因素引起的炎性疾病，常见的症状有关节肿大、疼痛、活动受限等，关节炎患者下蹲厕所时，可能会出现膝关节酸痛的情况。
下蹲时膝关节出现疼痛,常见于膝关节的慢性劳损以及急性损伤,从而导致骨质、软组织的炎症反应,在下蹲的时候局部张力升高,产生更强烈的牵拉、压力,从而出现疼痛。下蹲膝关节痛主要是药物治疗。在治疗期间可以口服非甾体类抗炎药物。再配合中医针灸、按摩、局部热敷等理疗，促进病情的恢复。疼痛期间尽量不要做剧烈的运动，尽量不要经常走路，尽量卧床休息。
首先，要了解膝关节酸痛的病因，确定诊断。引起膝关节酸痛的病因主要有膝关节骨性关节炎、滑膜炎、鹅掌肌腱炎、脂肪垫劳损、关节内游离体、半月板损伤、膝关节韧带损伤等，膝关节制动或减少负重活动是最先采取的治疗措施。
膝关节在下蹲的时候，因为关节对关节面的挤压特别厉害，所以这个时候关节内如果有组织有损伤就很容易发生疼痛。比如半月板损伤：如果活动中间引起髌骨的位置变化也有可能会有疼痛：在下蹲之后对于髌骨和股骨之间的髌骨关节挤压比较厉害，也有可能会疼痛：对于股四头肌、髌腱、脂肪垫的牵拉，如果这些地方本身有病变，也有可能会疼痛。
膝关节在下蹲的时候，因为关节对关节面的挤压特别厉害，所以这个时候关节内如果有组织有损伤就很容易发生疼痛。膝关节疼痛的原因比较多，可以到医院就诊，找清楚疼痛的来源，对症性的治疗。
一般是不会引起小腿肌肉酸痛的，通常膝关节炎会出现膝盖部位疼痛，僵硬，腿部无力等情况，要是肌肉酸痛，要及时的检查治疗，要考虑是外伤或者血栓的问题，平时要注意劳逸结合，适当的给局部按摩，不要过度劳累。