宝宝半夜发烧39度应该及时遵医嘱使用口服布洛芬混悬液来治疗，要遵医嘱。
布洛芬混悬液的退热效果很好，一般在半小时之内会出现明显退热，但退热时间维持不稳定，大约4到6小时，但是该药用药间隔至少4到6小时，24小时运用最多不能超过四次，并且使用该退热药物的时候，一定及时给宝宝补水，避免造成脱水，另外要遵医嘱使用。
一般情况下，两岁宝宝半夜发烧39度，可以通过药物治疗、物理治疗、日常护理等方法进行治疗。具体分析如下：
1.药物治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，属于高热的范畴，家长可以在医生的指导下使用布洛芬混悬液、对乙酰氨基酚混悬滴剂、小儿豉翘清热颗粒等药物给宝宝治疗。
2.物理治疗：两岁宝宝半夜发烧39度，可以贴退热贴、用冰块冷敷额头、温水擦浴、等，达到物理降温的效果。
3.日常护理：平时多带孩子进行体育锻炼，具有增强体质的效果，还要多晒太阳。
半夜宝宝发烧39度，如果家里没有退烧药物，可以采取物理降温。物理降温的方法有很多种，可以用生菜根熬水喝或者是服用姜糖水、葱白水，也可以用冰块或者是凉毛巾冷敷额头部位，两个小时之后重新测量体温。
如果儿童半夜发烧39摄氏度，可以遵医嘱给其服用退热药物，还可以给其进行物理降温。
儿童神经系统发育不健全，如果儿童半夜发烧39摄氏度，这是比较严重的，可给予退热药物进行治疗，如对乙酰氨基酚、布洛芬等，但需要在医生的指导下进行。在服用相关药物后，家长需要对儿童进行物理降温，如给儿童贴退热贴，用温水把毛巾打湿，给儿童擦身子，这样有利于降温。
发烧一般是指发烧。急性上呼吸道感染、流行性感冒都会导致儿童半夜发热。具体分析如下：
1.急性上呼吸道感染：急性上呼吸道感染又称感冒，主要表现为鼻腔、咽、喉三个部位的急性炎症，主要表现为发热、咳嗽、流鼻涕。儿童夜间出现急性上呼吸道感染，可能会出现半夜发热的症状。建议家长及时带孩子去医院就诊，在医生的指导下服用小儿退热颗粒、小儿感冒颗粒、小儿氨酚黄那敏颗粒等药物。
2.流行性感冒：流行性感冒是指流行性感冒病毒引起的全身疼痛、发热、呕吐等症状。建议家长给孩子贴退热贴，多喝水，可以口服布洛芬颗粒、磷酸奥司他韦干混悬剂、利巴韦林颗粒等药物。
通风散热，但是那一定要多注意通风散热，而且衣服不能穿得过于紧，也不能用被子裹住孩子，尤其是在夏季的时候可以使用空调，但是温度要控制在27度左右才行。另外要注意给孩子多进行补水，也可以给孩子喝一些果汁，比如西瓜汁，就是非常不错的。