通常情况下，月经第三天查性激素六项属于经期。具体情况分析如下：
正常情况下是在月经来潮的第三到五天去医院抽血检查性激素六项，通常这个时间段属于经期，经期人体内的激素水平波动较小，比较稳定，往往可以较为准确反映身体内的内分泌的情况，如果月经结束后再去检查性激素六项，体内的激素水平迅速上升，可能会出现误差，影响到检查结果。
月经第3天查性激素六项属于卵泡期。月经第3天查性激素六项从化验的结果，可以了解到卵巢功能是否正常、促黄体生成素与促卵泡素的比值是否正常、雌二醇是否正常，并且可以了解泌乳素、雄性激素以及孕酮是否正常。在临床上主要用于月经不调、不孕不育、先天性子宫发育不良等病症辅助检查。建议月经第3天查性激素六项的时候，在空腹状态下抽血，并且在抽血之前要休息十分钟左右。
经量过少考虑为黄体功能不足或是气滞血瘀导致的，其次不能完全排除是流产次数过多引起的，经期注意休息避免过度劳累，保持会阴清洁干燥。到当地正规专业的妇科医院做全面检查，然后根据诊断结果调理用药治疗。
性激素六项是查卵泡生成激素、黄体生成激素、雌二醇、孕酮、睾酮、催乳激素中6项指标，这六项检查基本满足了临床医生对内分泌失调与否的筛查和对生理功能的一般性了解。查性激素六项尽量在月经来潮的第3-5天，在月经第二天查也可以。通常，如果患者的月经时间不稳定可以检查性激素六项。需要注意的是，患者在检查前注意阴部的清洁卫生，作息要规律，尽量保持饮食清淡。
通常情况下，月经不调在月经来潮期间的第2~5天可以查性激素六项。具体情况分析如下：
这是卵泡形成的初期，每周进行6项检查，可以了解到卵巢的功能状况。女性月经不调，与激素分泌失调、气血不足等因素有关；此外，女性有宫寒、某些妇科炎症等疾病也有可能引起月经不调。需要在医生的指导下进行检查，并有针对性的治疗。
月经量少可以检查性激素六项。
如果是内分泌紊乱，可以进行进行性激素六项检测。来月经后三日内最好是去医院做个全面的体检，最好是在体检之前先空腹八个小时，同时还要注意休息。如果有什么不正常的情况，可以口服黄体酮、地屈孕酮等。如果没有任何问题，需要做甲状腺功能、B超等检查，确定月经不正常的情况后进行相应的治疗。