巧克力囊肿治疗方法主要采用药物和手术治疗两种，其中药物治疗只能缓解症状控制发展，停药后，可能会复发；手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，腹腔镜手术是本病处理方法。
不可以吃，孩子在三周岁之后才可以吃巧克力，而且不能多吃，因为里面含有咖啡因成份。巧克力含热量过大，食用过多，易产生厌食，消化不良。巧克力含脂肪多，不含能刺激胃肠正常蠕动的纤维素，因而影响胃肠道的消化吸收功能。
子宫内膜异位于卵巢深部，经血潴留形成的囊肿。积血多呈巧克力糊状，常因表面出血或囊壁破损而与邻近器官粘连，病人有月经紊乱、痛经、不孕等表现，可手术切除。异位在卵巢的子宫内膜所引起的，这种异位的子宫内膜，其组织结构与正常位置的子宫内膜相同，也可出现增生或分泌期的改变，并引起月经来潮，由于经血无法排出，积聚在卵巢，形成囊肿。
巧囊是子宫内膜异位症的一种，一旦发现，临床原则是手术治疗。巧囊属于两性病有向恶性发展的机率，有些人会出现痛经、性交痛、月经血块，一般来一次月经会加重一次病情，甚至还会影响生育。现代医疗水平先进，直接用微创术，在腹部0.5CM小切口，入院到出院三至五天，将巧囊剥离，再在术中用药物及生物防粘膜，这样可以不再复发。及时治疗不会影响。
偶尔吃一些没关系，但尽量减少少吃，特别是饭前不能吃。长时间的吃甜食，容易影响小孩的食欲，造成消化不良，食欲减退的现象。平时还需保持小孩的口腔卫生，特别是吃完甜食后，一定要指导或者帮助小孩刷牙，以免造成龋齿引起来的不适。
