多囊卵巢和卵巢囊肿相比，多囊卵巢更为严重。是因为多囊卵巢属于内分泌疾病，常常是由于遗传因素和环境因素相互作用导致的，由于卵泡不能正常生长发育和排出，因此就会导致女性出现月经失调、面部痤疮，甚至肥胖等其他并发症，还可能影响女性的生育功能。卵巢囊肿可能是生理性囊肿，也可能是普通的卵巢囊肿，或者是子宫内膜异位症导致的卵巢巧克力囊肿这些疾病通过手术治疗以后往往都可以治愈，而且不容易影响女性正常受孕。
引起卵巢囊肿的原因主要以下几个因素：遗传因素，20%～25%有家族史；内分泌因素，临床上很多基本病理生理改变是卵巢产生过多雄激素，而雄激素的过量产生是由于体内多种内分泌系统功能异常协同作用的结果；此外还有生活方式因素以及环境因素。
多囊卵巢是一个内分泌失调性疾病，发生多囊卵巢是由于丘脑下部-垂体-卵巢轴功能失调，破坏了相互之间的依赖与调节，因而卵巢长期不能排卵，而导致不孕、闭经、月经不调、肥胖等，治疗主要是保守治疗和微创手术治疗。
女性有多囊卵巢综合征会影响到月经，甚至会体毛增多或者痤疮青春痘发生，肯定会影响到女性正常来月经，所以调理一般就是雌激素孕激素这一类的药物来进行控制，都是比较理想的。
多囊卵巢引起闭经可以采取调节月经周期、降低血雄激素水平、改善胰岛素抵抗来进行治疗。对有生育要求者可以诱发排卵，在生活方式习惯、抗雄激素和改善胰岛素抵抗等基本治疗后，进行促排卵治疗。
多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕的，多囊卵巢治好之后就可以怀孕了。多囊卵巢的治疗方法有两种，一种是药物治疗，另一种是手术治疗。药物治疗不太理想，可以手术治疗。