当囊肿压迫引起血管闭塞或尿路梗阻时有可能对肾功能产生影响。
当囊肿超过5cm，应进行相应的治疗，包括囊液抽吸术并囊内注射硬化剂或行手术治疗。囊肿6cm已经是比较大了，对于周围的肾脏组织造成了压迫，会引起肾脏组织的缺血坏死，引起肾功能减退。而且，如果因剧烈运动或者动作猛烈等也容易挤压囊肿，导致囊肿破裂，诱发感染等等病状。
建议去医院的挂泌尿外科就诊，西医上采用去顶减压和穿刺抽液手术，手术方法能减小囊肿对肾实质的压迫。期间注意饮食规律，忌辛辣的食品。
果单纯性肾囊肿直径大于六厘米以上，或产生了压迫症状，可以通过肾囊肿去顶减压术来得到治愈，但是不能保证肾囊肿不再复发。然而如果是遗传性肾囊肿，通常表现为多囊肾合并多囊肝，目前来说没有办法治愈，仅在多囊肾囊肿较大时，可以通过去顶减压手术来得到缓解。
可不做手术。肾囊肿是人体正常的变异的一种。如没有明显压迫及炎症感染时不用处理。肾囊肿发展缓慢，不会癌变，预后良好。只有发现过大的肾囊肿，对脏器其本身或周围的器官可形成压迫症状，或有炎症，才采用针吸治疗或手术减压酒精注射治疗，炎症时要用抗菌药物治疗。
肾囊肿手术就是把肾囊肿的顶去掉，相当于把锅的锅盖揭掉一样，尽量不让里面的囊液对肾脏的实质形成压迫，减少对肾脏的损害。肾囊肿一般有急性感染的全身表现，如高热、寒战等，一侧肾区剧痛，肌肉紧张，脊肋角有明显叩击痛。血白细胞增多，尿中有白细胞，细菌培养阳性。IVU示肾盂肾盏受压或充盈缺损。B超示肾区液性暗区以及可导致肾积脓的原发病变。
肾囊肿穿刺，如果是个单发的肾囊肿，一般都是门诊手术。穿刺后，一般要求病人24小时平卧休息，但是如果是囊肿是多发的囊肿，这种穿刺一般要求住院治疗，住院穿刺后，一般还要休息三天左右。
