怀孕初期肚子疼腰疼，有可能是正常情况，也有可能是异常妊娠或其他疾病导致。
1.正常情况:在怀孕的初期，受精卵着床可能会导致子宫收缩，引起肚子疼腰疼。另外胚胎生长发育也有可能会出现这种情况，属于正常情况。
2.异常妊娠。在怀孕初期，如果发生先兆流产，宫外孕等异常妊娠，均有可能会因为子宫收缩而发生肚子疼腰疼，需要去医院做B超和血HCG化验来诊断。
3.其他疾病：如果发生肠炎、泌尿系感染、结石等疾病，也会出现腰疼和肚子疼的情况。
怀孕初期出现肚子及腰疼的症状，多数是体内的激素水平增加，导致卵巢、输卵管、子宫内膜，以及宫颈、阴道的分泌物增加，引起组织黏膜水肿，以及子宫增大，牵拉性的腹痛症状，腰疼属于神经放射痛所致。
在怀孕早期，受精卵在子宫内壁着床的时候，可能也会引起少量的阴道出血，以及轻微的腹痛和腰痛症状。这些症状都属于一过性的，不会反复出现，如果持续性出现症状，还应该考虑是否有其他原因，比如泌尿系统感染，或胃肠道的炎症、肠道痉挛等病因。还考虑是否有胚胎发育不良，以及先兆流产等，如果是其他表现，还会伴随其他的症状，比如阴道出血、尿频、尿急等症状。
在怀孕初期的时候有见红肚子疼的症状，有可能是流产前兆，如果你怀孕已经超过40天了，建议可以到医院抽血化验一下人绒毛膜促性腺激素，加上孕酮，再做子宫彩超检查，排除宫外孕的可能。
怀孕初期小肚子疼腰疼是正常的生理表现。如果腹痛、腰痛严重，伴有不规则阴道出血，应考虑先兆流产或宫外孕引起的现象，并及时对症治疗。
在此期间，应进行超声波检查以确定宫内妊娠。如果有宫内妊娠，应检查孕酮和绒毛膜促性腺激素值。如果黄体酮水平较低，则表明这是流产的迹象，应及时治疗。也可以通过热敷按摩来改善，可以用点春砂仁煲汤喝，可以安胎缓解疼痛。
不排除有先兆流产的可能，如果有见红的现象，一定要及时到医院进行检查，根据检查结果在医生的指导下对症治疗。同时一定要注意休息，不要过度劳累，不要剧烈运动。怀孕后会分泌黄体荷尔蒙，可以有效的保护胎儿、防止流产，有麻醉的作用，可刺激肠道而出现便意。
怀孕早期肚子疼腰疼可能是宫外孕或流产。
如果孕早期有比较严重的肚子疼痛、腰痛需要尽快去医院检查，是否是宫外孕导致的。如果不是，可能是孕酮低导致有流产前兆，需要中西药结合保胎治疗，如滋肾育胎丸，既补肾又安胎，能治疗孕期腰痛症状。
建议孕妇在日常生活中吃含有蛋白质的食物，多吃新鲜的蔬菜水果，饮食清淡，禁烟禁酒，注重休息，保持愉悦心情。远离刺激性气味，室内要定期开窗保证空气流通，定期产检。
