真菌性感染的治疗较为麻烦，要一次性治疗恢复，否则容易产生耐药性，并且要夫妻同治。一般需要1～２周。注意局部卫生，每日清洗龟头和包皮，如包皮过长要及时治疗，必要时作包皮环切术，及时清洁包皮垢很有必要。
一般来说，龟头炎真菌感染可以通过以下方法进行治疗。
龟头炎真菌感染需要将患处洗净之后，涂抹杀菌抗炎的药物来进行治疗。还可以将洗过的内裤放在太阳下面暴晒，也可以有效杀菌。如果症状得不到改善，患者需要及时去往医院进行诊断治疗。
建议患者在治疗期间避免发生性生活，并且保持局部的卫生干净，穿的内裤也要以纯棉材质为主。
真菌性龟头炎，是由真菌感染导致。很多人长期不注意卫生，包皮将龟头包住，处于阴暗潮湿的环境下导致真菌感染。也可能是同房的对象，有真菌性阴道炎，同房后感染的。感染后可能有龟头发红，龟头渗液、瘙痒，并且局部有膜状物、豆腐渣样分泌物，涂片检查可以找到真菌。
龟头炎真菌感染，可以采用药物进行治疗，不要吃辛辣刺激性的食物，要注意个人卫生。定期到医院复查观察恢复情况，个人用品，毛巾，盆子等，可以用开水烫洗消毒，单独使用，不要使用公共用品。
龟头炎属于龟头黏膜局部炎症反应，用药是可以治疗的，对于不同病因造成的龟头炎症，治疗期限也是不一样的，一般细菌性的龟头炎需要规律科学的应用药物治疗3~7天就可以，而对于真菌感染引起的龟头炎症治疗起来比较困难，通常需要外用药物和口服药物联合，一般至少需要7~14他左右，滴虫感染造成的龟头炎一般也是需要2~7天左右。
真菌性龟头炎是一种发病率最高的龟头炎疾病。病人几乎都有包茎或包皮过长。在龟头炎和过长的包皮之间，由于脱落的上皮细胞、腺体分泌和龟头炎包皮垢杆菌组成一个温热、潮湿的细菌培养基，一旦细菌进来即可引起炎症。