囊虫病的防治主要是不吃生菜、生肉，饭前便后要洗手，以防误食虫卵。饮食方面要做到规律、合理，多食新鲜的水果和蔬菜，不吃生肉，饭前便后要洗手，以防误食虫卵，烹调务必将肉煮熟，肉中的囊尾蚴在54℃经5分钟即可被杀死，切生熟肉刀和砧板要分开。
肝包囊虫病可以看好的，目前所说的喜欢吃的料理中容易出现一些寄生虫病，特别是没有完全煮熟的生鱼片，最容易发生肝吸虫的感染，较轻的可以采用药物进行调理。比较严重的就是手术，因为容易引起胆管梗阻。
囊虫病会出现颅内压增高，局灶神经体征，癫痫，精神障碍，神经疾患和脑血流障碍症状如记忆力减退，视力下降及精神症状，其他有头痛头晕、呕吐、神志不清、失语、肢麻、局部抽搐、听力障碍、精神障碍、痴呆、偏瘫和失明等。源自于污染食物和自身感染。需尽早到医院进行检查，避免病情加重。
囊虫病要进行头颅的CT或者是磁共振的检查，来明确大脑之内寄生虫的数量、部位，以制定合适的治疗方案。必须在住院的情况下，在严密的监测下进行杀虫治疗，除了杀虫治疗之外，还要进行对症的支持治疗。
脑囊虫病治疗的方法有药物治疗和手术治疗。通过药物将脑囊虫杀死，囊虫破溃时可能会有明显的症状，如颅内压增高、抽筋等，颅内压增高比较明显、急剧颅内压增高，或急剧的脑水肿时，需要手术治疗。