不会产生副作用，可以长期服用，有助于重病或疑难杂症的恢复。但是人体个别的差异性非常大，有些人对综合酵素也会过敏，只是反应程度与频率均很轻微。但这些症状并非由酵素副作用引起，简而言之，就是说酵素作为一种对身体很好的营养品，是没有任何副作用的。
酵素的副作用和危害，主要有以下几点，过敏反应，少部分人进食后，会引起皮疹、瘙痒、出汗、腹痛等不良反应，因此对酵素过敏者应该禁用。目前市场上，很多酵素是自制的，没有标准配方，糖的含量超标，糖尿病患者应该慎用。自制的酵素，很多卫生不到位，生产过程中容易产生病菌。
夜间酵素副作用是过敏反应，少部分人进食后，会引起皮疹、瘙痒、出汗、腹痛等不良反应，因此对酵素过敏者应该禁用。糖尿病病人应该慎用。容易引起胃部不舒适的感觉，酵素属于弱酸性的物质。
酵素梅的主要成分是青梅，有润肠通便，排毒养颜，延缓细胞衰老的作用。适当吃酵素梅，能够修复肠道内损伤的细胞，增加食欲，补充体力，补充人体内需要的元素。酵素中含有少量泻药的成分，吃多了会损伤肠胃导致胃肠功能紊乱，进而出现腹泻、腹痛等症状，长时间吃酵素梅还会对酵素梅产生依赖性，导致肠内菌群失调。吃酵素梅也要注意忌口，否则会对肠胃产生很大的影响。
酵素是不可以长期吃的，酵素对于肠胃的伤害是非常大的，如果长期的服用酵素除了对肠胃的伤害很大以外，还会对身体的其他器官造成一定的伤害，而且减肥是要通过饮食，和运动才能够达到健康减肥的目的，如果通过减肥药或者是减肥的食物，是不能够达到减肥的目的，还会对身体造成伤害。
酵素的副作用会导致人体的疲劳乏力，皮肤粗糙，头晕目眩，睡眠质量低，严重的还会造成脑血栓，半身不遂，脑梗等。危害有，自制酵素发酵环境的温度是比较适宜微生物繁殖的，制作不成功，会产生一些杂菌和有害物质，会引起食物中毒。果胶经过微生物发酵之后，会产生甲醇。在家中自制酵素，酵素能帮助降低血液中胆固醇和脂肪含量抑制血小板凝聚功能，恢复血管弹性。所谓的酵素副作用与危害性大多是自制酵素。