如果三天用两次紧急避孕药，可能会影响到内分泌，出现月经紊乱，有一定的危害。
三天用两次紧急避孕药会造成阴道不规律流血，或者是月经提前。紧急避孕药属于大剂量的孕激素，如果频繁应用可能会影响到月经，另外也可以会造成避孕失败出现非意愿怀孕，所以不主张频繁应用这种避孕方法。在紧急避孕药以后，如果出现阴道流血要注意观察，如果量不多，并且几天就完全干净，可以不必用药物治疗。避免暴饮暴食，以防加重胃肠负担，影响机体营养摄入。适当进行体育锻炼等，可增强体质，提高机体免疫力，维持机体健康状态，减少不良病变的发生。
三天吃两次紧急避孕药的危害如下:
1.不规则阴道出血。
2.月经提前或推迟。
3.恶心、呕吐、腹胀、头晕、头痛、乳房疼痛等。
4.避孕失败也可能导致意外怀孕。
紧急避孕是孕激素的一种，能抑制排卵，阻止卵子和精子结合，改变子宫内膜状况，抑制受精卵着床。紧急避孕药不建议常规使用。如果没有生育要求，可以选择放置宫内节育器和避孕套避孕。
一般情况下，三天服用两次紧急避孕药，对患者的身体是有一定的影响的。正常情况下，女性一个月之内最多服用一次紧急避孕药，因为紧急避孕药是一种激素药，其中含有孕激素、雌孕激素复合制剂，这些成分可能会扰乱女性的内分泌，使女性的月经出现异常。需要注意的是，紧急避孕也可能会有避孕失败的情况，且紧急避孕药可能会导致输卵管蠕动异常，严重时还可能会使女性出现异位妊娠的情况。
过了72小时吃避孕药没有用，一般是起不到避孕效果的。紧急避孕药是在无保护性生活后72小时内口服1片，12小时再重复服1片。如果错过了72小时内的最佳补服避孕药时机，还可以选择在无保护性生活后120小时内口服抗孕激素制剂米非司酮片，有效率达85%以上；也可以选择在无保护性生活5日内，去医院妇科放置带铜宫内节育器，有效避孕率达95%以上。
三天吃了两次避孕药，如果月经推迟不来还是检测一下有没有怀孕，以后注意不是老是吃避孕药，可以采取其他的避孕措施。这么短时间就吃了两次避孕药，对身体是不好的，一般一年不超过三次，一个月才允许服用一次，可能会影响月经不正常的，也有可能会影响药效的。
同房第三天后吃避孕药有一定的作用。
一般情况下，紧急避孕需要在同房后的72小时内服用，并且服用的时间越早，避孕的机率也就越大。如果在同房三天后才服用避孕药，虽然也具有一定的效果，但是并不能保证避孕的机率。并且，服用紧急避孕药会具有一定的副作用，比如头疼、头晕、撤退性出血等，甚至影响到正常的月经。所以如果生育计划，在进行同房时最好进行正确的避孕。