分期为极低危险度或低危险度的胃肠道间质瘤患者，术后复发或转移的风险较低，一般不需要进行术后的。辅助化疗。部分为中危险度或高危险度的患者，需接受术后的辅助化疗，应口服药物2—3年。坚持术后随访，定期复查。
胃肠道间质瘤术后是需要吃药的，因为术后也是会有一定转移的复发几率，为了把转移和复发率降到最低，所以术后需要用药，中度风险的患者吃药的时间在一年左右，如果是高度复发风险的病人可以吃三年以上。
胃肠道间质瘤需要手术治疗，要求R0切除，术后还要进行辅助化疗、一系列的治疗，胃肠道间质瘤术后有复发率，常规胃肠道间质瘤的复发率很高，一般在40%-90%，原发病灶比较孤立或者小的病灶，复发率是35%。
胃间质瘤即是一种发生于消化道的少见的肿瘤，它属于间叶肿瘤的一种。只要身体条件允许，没有转移，应首选手术，手术后完全可以康复的。以后重在预防复发，不使用致癌物质，像腌制的东西油炸的尤其，像花生，腐烂的水果等，多吃新鲜的果蔬。
手术后采用中医动态的疗法服用中草药全面调养综合治疗，防止复发和转移，有效的控制病情，达到彻底康复的目的。只是西医方面确实没有什么更好的方法，只能是手术、放疗、化疗，切了再切，直到生命结束，病人一直在痛苦中度过。
胃肠道间质瘤预期生存时间存在个体差异，与其恶性程度、生长部位、治疗方法、治疗效果有关。肿瘤发生在胃、食道者，治疗效果较好，10年生存率能够达到70%以上；肿瘤发生在小肠部位，治疗效果较差，10年生存率仅为17%左右。