肾痛和腰痛主要区别是疼痛的原因，性质以及部位是不一样的。肾痛往往见于肾结石，肾囊肿等疾病引起来的，通过检查尿常规，泌尿系统彩超，肾脏CT等可以明确诊断。腰痛比较常见的是腰肌劳损，椎间盘突出，外伤等原因引起来的。
需要根据其他伴随症状来判断，到底是腰痛还是肾痛。肾痛，腰痛都位于腰区，疼痛部位略有区别。后背可摸到脊柱。脊柱与第12根肋骨的交点处称之为肋脊点，这个区域的疼痛，一般位于肾脏疼痛，不在此区的疼痛都称为腰痛，但不一定是肾脏疾病所产生的疼痛。肾脏疼痛可伴有恶心、呕吐、向下腹部放射的症状，而腰肌劳损局限于腰肌局部。腰椎间盘突出所出现的疼痛，位于脊柱正中，一般不出现恶心、呕吐，也不向下腹部放射，但有可能沿腰椎向下放射，分布到臀部、腿部等。在腰部出现疼痛的时候可以去骨科进行拍片检查，并且在治疗期间要让腰部充分的休息。避免地继续下床活动以及弯腰搬抬重物，不能久坐，久蹲，久站等保持一个姿势时间过久，注意休息保暖，保持好的生活习惯，不要熬夜情绪激动，保持好的心态，饮食清淡温热易消化，禁生冷辛辣刺激食物。
肾痛和腰痛的部位不一样，腰部是连接胸腔和腹腔的，腰痛会引起脊柱、神经痛和腹腔内的器官等疾病病变，腰痛主要是腰椎疼痛，而肾痛主要集中在肾区，原因也很复杂，比如肾结石，肾炎，尿结石都会引起肾痛，需要去医院做相关的检查。
腰痛和肾痛的疼痛难受部位不同。腰痛的部位在腰椎中间旁开一个手掌的距离，就是中间画个线，旁开手掌是腰痛。肾痛的距离要旁开两个手掌，在肋骨的下缘。此外，腰痛和肾痛伴随症状不一样。腰痛在劳累的时候易出现建议：腰痛要注意腰部休息，最好配戴腰围进行保护，尽量减少下地活动、减少身体负重。
两者疼痛的部位和性质都不太一样，腰痛一般在腰的脊柱正中间，骨头那个地方疼痛有可能会局部酸痛范围比较大，引起下肢的麻木胀痛等肾脏输尿管引起的疼痛是在两侧肾区，去医院进一步检查可以明确，比如x线，肾脏B超。
应该再对其右肾的部位进行检查一下，看看是其右肾有这样的病症没有，如果其腰痛的症状是与肾囊肿有关，那就是通过手术的办法将其肾囊肿进行摘除，就可以了。如果右肾发现有疼痛的感觉了，那就是有可能是其右肾也发生囊肿的病症了。