一般来说，胃镜要稍微比肠镜痛苦一点，具体分析如下：
肠镜和胃镜检查在临床上很普遍，并且随着医疗手段的改进，这两项检查基本都不会非常难受，通常胃镜要稍微比肠镜痛苦一点。建议患者前往正规医院进行胃镜和肠镜，以免导致检查结果出现偏差。如果患者出现不适症状，建议患者根据实际情况前往医院就诊检查，然后在医生的指导下进行治疗。
做肠镜还是有痛苦的，一般人是可以耐受的，但是还要因人而异。因为有些人乙状结肠比较长，乙状结肠是腹腔内位器官，是游离的，所以当肠镜往前插入通过这段肠管的时候，肠管来回活动就会通过比较困难，肠镜反复伸拉可能就会导致非常痛苦。
一般就是酸胀顶的慌，自己放松不要紧张就好；就是在静脉麻醉下做肠镜，也就睡十几分钟醒来就没事了，一般没有什么副作用，建议不要担心。但是无痛肠镜需要提前预约，大夫需要说好多注意事项，做术前评估。
肠镜检查不太舒服，但是说不上很痛苦，大多数人都可以检查下来，肠镜检查前一天禁止吸烟。要有成人亲友陪伴，术前取下假牙，女士去妆。检查前两天进食容易消化饮食半流质如稀饭，禁食含粗纤维类食物。检查前一天米汤、牛奶、豆浆等流质饮食，检查当天禁食。检查后24小时内禁食辛辣食物，12小时内不能饮酒。检查后24小时内不得驾驶机动车辆、进行机械操作和从事高空作业。
肠镜检查不舒服，但是可以坚持下来的。通过安装于肠镜前端的电子摄像镜头将结肠粘膜的图像传输于计算机处理中心，然后显示于监视器屏幕上，通过显示屏幕可清楚观察到大肠粘膜的细微变化如炎症、糜烂、溃疡、出血、色素沉着、息肉、癌症、血管瘤、憩室、粘膜下病变等。还可以通过肠镜的器械通道送入活检钳取出米粒大小的组织，病理切片进行检查，以判断病灶的性质，也可进行镜下息肉治疗、止血、病灶标志物定位、特殊染色处理等。
