甲类目录的药品是临床治疗必需的，使用广泛，疗效好，同类药物中价格低的药品，是由国家统一制定，各地不得调整。使用甲类目录药品的费用，由基本医疗保险基金按规定支付。
甲类药品是指全国基本统一的，能够保证临床治疗基本需要的，使用广泛、疗效好、同类药品中价格较低的药物，乙类药是指由个人承担一部分费用的药品，国家的政策是一般让医院使用甲类药。
甲类传染病的传染性极强，传播迅速，危害性比较大。甲类传染病包括霍乱，鼠疫。在乙类传染病中，非典型肺炎，人感染高致病性禽流感。甲型H1N1，炭疽中的肺炭疽，也按照甲类传染病进行处理。
乙类传染病有26种，在乙类传染病当中，传染性非典型肺炎、炭疽中的肺炭疽、人感染高致病性禽流感和脊髓灰质炎，虽然是乙类传染病，但是需要采取甲类传染病的报告和控制措施。因此，乙类传染病并不是都按甲类传染病来进行管理的，只是这四种比较特殊的疾病按照甲类传染病来进行管理。
他们的区别是甲类OTC只能在具有《药品经营许可证》配备执业药师或药师以上专业技术人员的社会药店，医疗机构药房零售的非处方药，而乙类OTC除了社会药店和医疗机构药房外，还可在经过批准的普通零售商业企业零售的非处方药，简单的说.就是甲类的为红色标识，乙类为绿色标识，相对来说一般甲类安全性相对于乙类要低。
根据其传播方式、速度及其对人类危害程度的不同、分为甲、乙、丙三类甲类传染病鼠疫、霍乱乙类传染病传染性非典型肺炎、艾滋病、病毒性肝炎、脊髓灰质炎、人感染高致病性禽流感、麻疹。