对于肾萎缩的治疗，应以微化中药渗透治疗为主，西医对症治疗为辅。阻断肾脏纤维化，促进受损组织细胞修复及再生。肾脏萎缩是体积缩小相应肾功能减退，主要是由于慢性肾脏疾病导致肾小球受损。
双肾萎缩是不能治好的，但是可以缓解，也可以长期维持基本功能，像正常人一样生活，直到老死。平时避免受凉劳累，调节情绪，疏导心理压力，规律起居饮食，积极适当运动，少吃辛辣刺激，多喝温热蔬菜汤。
已经缩小的部分是不能恢复的，治疗病因来延缓肾萎缩，常见的原因是慢性肾小球肾炎，早期的慢性肾小球肾炎，往往需要使用激素或者是激素联合免疫抑制剂治疗。如果是糖尿病肾病，需要控制血糖。如果是高血压肾病，需要控制血压。如果是泌尿系统结石引起的问题，需要可能需要手术祛除结石。
出现双肾萎缩的病人一般都已经进入到慢性肾功能不全的失代偿期，会做一些针对慢性肾功能不全的非透析疗法，如果血肌酐进一步升高，出现一些由于肌酐高引起的消化道症状，恶心、呕吐等症状以后，给用一些纠正酸中毒以及排毒的药物。
双肾萎缩平时需要长时间血液透析，国外很多人都是只依靠定期的透析来维持血液净化，这样可以坚持很多年而不出现病情恶化。单纯通过用药不能治愈，肌酐维持在正常范围，平时注意低盐低脂，优质蛋白饮食。