寻常疣和扁平疣都是由人乳头瘤病毒引起的。但由于其感染的种类不同，其临床表现也不同。
扁平疣是一种豆粒大小的扁平丘疹，通常是豆子大小，也就是芝麻大小。寻常疣通常是花生米大，稍大一点，小一点的则是豆子。这种皮肤比较大，比较粗糙，比较坚硬的那种。常见的是寻常疣。两者的症状相同，都是乳头瘤病毒，但症状不同。
扁平疣和寻常疣都是由人类乳头瘤病毒感染引起的皮肤表面的良性赘生物，两者共同之处均为大小不等边界清楚的扁平状丘疹，轻度高起皮肤表面，呈圆形、椭圆形或多角形。所不同的是扁平疣表面光滑，而寻常疣表面粗糙不平。
眼部扁平疣和脂肪粒的区别如下：一、病因不同，扁平疣是由人乳头瘤病毒感染引起的疾病，脂肪粒是因为皮脂腺导管角化，皮脂分泌堵塞造成的；二、临床表现不同，扁平疣主要表现为扁平的丘疹，颜色为淡褐色，脂肪粒为圆形的丘疹，颜色为淡黄色或乳白色；三、传染性，扁平疣具有传染性，脂肪粒没有传染性；四、治疗方法不同，扁平疣可以采用激光、冷冻、外涂药膏进行治疗，脂肪粒一般是用针挑破，挤出脂肪颗粒，也可以用二氧化碳激光治疗。
传染性软疣不属于扁平疣。
传染性软疣是由传染性软疣病毒感染引起的一种传染性皮肤病。而扁平疣则是人乳头瘤病毒感染引起的病症。两者是完全不同的病症，并无从属关系，但都会对患者的身体健康造成一定的损害，需及时进行治疗。
患者需注意做好环境消毒，避免出现交叉感染的现象。
扁平疣由于传染力强，常常密集成群或分散多处产生，尤其在搔抓之后，会沿着抓痕呈条状分布，常好发于脸部，特别是额头以及四肢，通常并没有自觉症状。在扁平疣出现时，病人应避免抓、挠，毛巾、脸盆应避免共用。
丝状疣：像小肉刺一样的丝状疣。北方叫小揪或小布袋。多生长在颈部和腋窝。寻常疣：南方称鱼鳞北方称瘊子多生长在手、足部位。传染性软疣：又称水瘊。其外形像水痘，中间有一脐窝眼。身体各部位均可生长。尖锐湿疣：属性病。其外形像菜花。多生长在生殖器部位。