肛瘘手术后有复发可能性，需要当地正规综合性医院肛肠科检查明确，必要时肛诊等检查，确诊复发必要时进一步手术治疗。忌辛辣刺激食物，饮食清淡，注意肛门清洁卫生，应用消炎膏，抗生素治疗等医院肛肠科检查明确，必要时进一步手术治疗复发肛瘘。
肛瘘通常不会在手术后复发。前提是内外胃必须正确定位，并且必须进行完全切除。必须避免辛辣和刺激性食物，以避免便秘。肛窦炎不会发生。温水坐浴应该每天进行。软食为主，少吃多餐，确保排便顺畅，避免便秘。药物应该口服。
肛瘘手术后部分容易复发，尤其是高位复杂性肛瘘，主要是切开瘘管，并将瘘管壁全部切除，创面不缝合，如果创面比较大，可以部分缝合，使创面由底向外生长，直到愈合，所以高位复杂性肛瘘手术后，更要保持肛门部的清洁，及时换药，避免复发。
做完手术之后复发的可能性比较低。但是如果是复杂性的手术复发的可能性也会比较高的。手术之后要注意一下按时的换药和消毒。这样才能够起到预防的作用的。如果出现复发的情况，那只能再次进行手术。
肛瘘手术后复发的原因：绝大多数是因为内口没有找准确，或没有把感染的原发灶即内口彻底清除。据近年来的研究表明，肛门腺感染是肛瘘的重要病因，因此，要切除干净内口，以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管。
肛瘘术后复发是因为肛门腺处理不当导致的，肛门腺感染是肛瘘的重要病因，要切除干净内口，以及内口附近有炎症的肛门腺及肛门腺导管，或者是在手术中没有刮干净坏死组织或清除支管，即可导致复发。