一般来说，对于右侧卵巢囊肿直径小于5cm，且患者没有任何不舒服的表现，对于这种情况可以考虑月经干净之后复查妇科彩超。对于右侧卵巢囊肿直径大于5cm，且复查妇科彩超持续存在，或患者合并有急性的下腹痛等，则建议患者前往医院就诊，在医生的指导下通过患侧附件切除术，患侧卵巢囊肿剥除术等方式进行治疗。
此外，患者应该注意局部卫生，同时注意适当运动，有助于改善症状。
女性如果是在排卵以后，或者月经来之前检查彩超发现有右侧卵巢囊肿，而且又没有任何腹痛表现，就要考虑是不是生理性的黄体囊肿，通常这时候就可以考虑在月经干净以后再次复查彩超看一看囊肿变化情况，如果右侧卵巢囊肿考虑是炎症刺激导致的炎性囊肿，通常就需要考虑使用消炎药来进行消炎止痛治疗，如果是普通的卵巢囊肿而且小于五公分以下，可以不用进行特殊的处理治疗，如果大于五公分以上就需要考虑手术切除囊肿。
卵巢囊肿是女性比较常见的一种疾病，大部分都是良性的。右侧卵巢囊肿的治疗上，要看临床出现的症状。如果右侧卵巢囊肿没有引起月经不调，疼痛或者肿胀能异常，不需要进行特别的治疗。如果右侧卵巢囊肿引起的异常需要进行切除手术。
右侧卵巢囊肿的治疗方法有药物保守治疗和手术治疗，具体选择哪种治疗方法需要结合囊肿的性质，大小与血运等多因素综合分析判断选择的。可以服用活血化瘀的中成药来进行治疗。
一般情况下，如果早孕期发现右侧卵巢囊肿，需要根据孕妇的具体情况来选择治疗方案。
在早孕期发现右侧卵巢囊肿后，如果卵巢囊肿不再持续的增大，也没有其他任何的异常症状，可以每两个月去医院做子宫和卵巢的B超检查，观察胎儿生长情况以及卵巢囊肿的生长情况，如果不再持续增大，先不用进行处理，将胎儿顺利生下后再进行治疗；如果卵巢囊肿持续增大，建议终止妊娠，然后再通过药物、手术等方式进行治疗，以免给身体造成不可逆的伤害。
孕妇体内的雌激素和孕激素水平会改变，从而导致生理性的卵巢囊肿，在妊娠前没有，在妊娠后会出现，多半是生理性的卵巢囊肿。
正常情况下，只要不超过3cm，就不需要做特别的处理，因为右侧卵巢囊肿会自动消失，所以要定期做B超检查，以了解囊肿的发育；如果右侧囊肿大于5cm，那么卵巢囊肿有可能会对子宫造成挤压，从而影响到胎儿的生长。