通常来说，吃益生菌拉肚子建议进行一般治疗。
吃益生菌拉肚子是一种很常见的生理现象，但当细菌的数量达到一定程度时，这个症状就会消除，所以建议在餐后使用。可以通过服用诺氟沙星胶囊来改善腹泻的症状，在腹泻的时候要适当补充水分，避免出现电解液失调和脱水现象。建议每日饮用一份酸奶，其中的有益菌含量比较高，对霉变细菌的繁殖也有一定的作用。日常生活中要多注意饮食的搭配。
宝宝腹泻可能与益生菌调整胃肠功能有关的，注意坚持口服一周时间调整胃肠功能，同时注意避免着凉。注意饮食卫生。母乳喂养的宝妈要注意忌口，避免油腻，刺激性食物，凉性水果，以及含酒精的食物与饮品。
一般情况下，吃益生菌肚子咕噜咕噜可以通过药物治疗、日常护理等方式缓解相关症状，具体内容如下：
1.药物治疗：如果患者吃益生菌后肚子咕噜咕噜，还出现了腹泻、腹痛等不适症状，患者应遵医嘱使用蒙脱石散、枫蓼肠胃康颗粒等药物进行治疗，以缓解不适症状。
2.日常护理：益生菌是一种生物制剂，有助于调节患者的肠道菌群平衡，会促进患者的胃肠道蠕动，可能出现肚子咕噜咕噜的情况，这是正常的生理现象，患者无需过度紧张，做好日常护理即可。患者应避免食用辛辣刺激性食物，可以适当地喝水、吃水果蔬菜。
菌群失调是导致吃益生菌拉肚子的主要原因，可以遵循医嘱口服乳酸菌素片、双歧杆菌四联活菌片等药物来平衡肠道菌群。注意补充水分，以防电解质紊乱，出现脱水症状。可以少量服用益生菌，益生菌能够促进肠道菌群的消化，排出肠道内的毒素和垃圾。多吃膳食纤维，促进肠胃蠕动，有利于消化吸收，每餐七分饱，吃饭要细嚼慢咽养成良好的饮食习惯。
如果宝宝吃了益生菌后呕吐，此时建议顺时针按摩宝宝的腹部，增加胃肠蠕动，帮助消化吸收，如果宝宝喝奶粉，也是有必要的。让宝宝多喝温开水，避免生火，因为奶粉营养价值很高，而且脂肪含量很高，此时，如果不让宝宝喝足够的水，很容易引起火灾。
益生菌类药物主要作用是改善肠道菌群失调，对于不规律不健康饮食或者长期服用抗生素引起的肠道菌群失调导致的腹泻或者便秘都有不错的效果。
服用后肚子发出的声音可能是肠鸣声比较频繁，可以通过热敷来减轻肠胃痉挛，也可以口服一些解痉镇痛的药，如匹维溴铵、山莨菪碱片等，如果还没有明显的表现，可以暂时停止使用益生菌类的药物，三周后会自动消失。