肝囊肿通常很少引起疼痛。疼痛不适仅在伴随细菌感染和炎症刺激时出现。它主要引起压迫性疼痛，如体积增大和血液循环不良，导致胸闷和胸痛。肝囊肿可以通过疏通或外科穿刺引流来治疗。
子宫囊肿一般不会有明显的症状，一般是在进行妇科常规彩超时发现。但如果并发感染、化脓或发生恶性病变时可能会引起腰骶部、腹部疼痛等症状。子宫囊肿又称子宫肌瘤，子宫肌瘤由于蒂扭转可发生感染，感染日久可病发化脓，从而引发腰骶部疼痛。
卵巢囊肿如果疼会有小腹隐痛或者是坠痛，一般部位在卵巢囊肿的一侧，有的囊肿是生理性的，一般来过月经就会自动消失，并不是所有的卵巢囊肿都有感觉，不痛也很正常，早发现早治疗。
会引起局部的疼痛，会压迫到神经引起麻木，也会出现关节活动时的卡顿感。可以通过手术切除囊肿的部位，也可以结合推拿针灸治疗，平时注意适当的活动关节，不要长时间机械性单一性的活动。
大多数情况下，囊肿不会引起疼痛。
妊娠期良性肿瘤以成熟囊性畸胎瘤和浆液性囊腺瘤居多，占妊娠期卵巢肿瘤的90%。恶性肿瘤患者多为无性细胞瘤和浆液性囊腺癌。妊娠合并卵巢肿瘤无并发症时一般无明显症状。妊娠中期，容易造成卵巢肿瘤蒂扭转。如果分娩时肿瘤位置较低，不仅可能堵塞产道造成难产，还可能导致卵巢肿瘤破裂。无论是椎弓根扭转还是肿瘤破裂，都会突然出现剧烈的腹痛。
