通常情况下，巧克力囊肿和子宫腺肌症可以通过药物、手术等来治疗。具体分析如下：
巧克力囊肿是子宫内膜异位到卵巢后，内膜增生形成的囊肿，囊肿内有血瘀如同巧克力糊状。巧克力囊肿可以口服雌激素治疗，减少内膜增生，缩小囊肿，还可以在宫腔内放置节育环，释放孕激素，抑制囊肿生长。还可以通过巧囊切开引流术，彻底清除病灶。
子宫腺肌症是子宫内膜生长到了子宫的肌层，一般应用芬必得等非甾体抗炎药来缓解痛经，然后进行腺肌症病灶切除术。
子宫腺肌症可以采取一下方法进行治疗：
1.使用曼月乐环，在月经来潮前两日上曼月乐，可以起到很好的缓解作用。
2.可以通过达菲林来进行治疗，这是一种比较常见的药物，能够缓解子宫腺肌症的症状。
3.当患者表现出了严重的临床表现，并使患者疼痛难忍，且患者无生殖需求时，可以进行子宫的切除。
患者应吃清淡易消化的食物，禁吃寒凉、刺激、辛辣的食物，比如烟酒、冰淇淋、辣椒等，平时要注意腹部的保暖。
子宫腺肌症患者肚子疼可以吃药或者上曼月乐环。
常用药物有中药和西药，中成药有丹莪妇康煎膏、散结镇痛胶囊等，效果不错。西药有止痛药和激素药可以选择，止痛药可以吃非甾体类解热镇痛药，比如芬必得、布洛芬、乐松、双氯芬酸钠等，还可以吃高效孕酮或者避孕药，肛门上双氯芬酸钠栓的止痛效果也可以。
疼痛太重可以肌肉注射解痉药654-2，无生育要求的患者可以上曼月乐环，不但可以治疗痛经，还可以抑制腺肌症的发展。
一般情况下，肚子疼可以通过以下几种方式进行治疗：
1.急性肠炎的患者可采用解痉药物进行治疗，如阿托品、654一2、匹维溴胺等；也可以选择抗炎治疗，常用的药物有左氧、甲硝性、头孢类抗生素等；
2.胆囊结石、消化道穿孔、输尿管结石、阑尾炎、肠梗阻、嵌顿疝、急性胰腺炎等均需要尽快到医院进行手术。如果有腹部疼痛需要去医院做进一步的检查，如果没有病因，就不要使用吗啡、杜冷丁类的强力镇痛药，否则会掩盖病情，导致心肌梗死、主动脉夹层、绞窄性肠梗阻等，如果不及时处理，死亡率极高。
子宫肌腺症的典型症状就是剧烈的痛经、经量多或者经期延长。.子宫腺肌症会痛经，但是痛经不一定是子宫腺肌症，很多原因都会造成痛经。做个检查确诊的。子宫腺肌症的治疗方法，无论是使用止痛剂缓解疼痛，还是服用激素以人工造成无月经状态或假孕疗法，都是对病情的暂时缓解.一旦月经恢复，就有复发及加重的可能.建议可以考虑手术治疗。子宫腺肌症可以选择超声介入治疗的。
年龄小、不需要生育的患者，一般都是将病变切除，只保留一小部分，然后在宫颈上做楔形切口，这样可以在每个月经周期中保持少量的阴道出血，让子宫内膜周期性地改变，这样可以保持卵巢对周期性激素的作用。如果年龄较大、无生育要求、痛经明显的女性，通常会选择全子宫手术。子宫腺肌症的手术有两种，一种是开腹手术，一种是腹腔镜下的微创手术。
