一般来说，儿童过敏性结膜炎用抗炎抗过敏药。
过敏性结膜炎又称为变态反应性结膜炎，是结膜对外界变应原产生的一种超敏反应。可以使用抗炎抗过敏药物糖皮质激素如泼尼松眼药水、H受体阻滞剂如奥洛他定眼药水等来治疗，也可以吃扑尔敏来治疗。家长需要带孩子到眼科检查原因，然后对因对症治疗。家长要适当调整小儿的饮食结构，尽量以清淡为主。
儿童过敏性结膜炎症状轻微，一般会自行恢复。
但如果局部症状比较明显，如眼睛瘙痒严重，眼睛不停的眨眼，且不能自控，需要尽早进行干预，避免对眼睛造成损害。过敏性结膜炎发作后，患儿眼部会出现异常瘙痒的症状，从而导致注意力不集中，影响学习。过敏性结膜炎一般不会影响儿童的视力，但如果患儿出现了春季角结膜炎、特应性结膜炎等情况，可能会导致角膜并发症，从而影响孩子的视力。过敏性结膜炎可根据患儿的症状进行局部冷敷或在医生指导下局部应用抗组胺的药物，一般3-4周左右即可得到缓解或恢复。
过敏性结膜炎可以在短时间的几个月内治愈；如果是长期的，可能需要数年的时间。具体的治疗时间要视情况而定，大部分都能在短时间内恢复。
春季过敏性结膜炎在反复发作后，会持续数年。小儿过敏性结膜炎可以用药物进行抗过敏治疗，但药物抗敏治疗仅能抑制过敏症状，预防和维护是非常关键的。在花粉最多的时候尽量不要出门，最好是带上护目镜。大部分的孩子都不能确定过敏源，所以孩子的过敏性结膜炎复发很难根治。
一般情况下，妊娠妇女都会使用一些抗菌药物来治疗疾病，如青霉素类、头孢菌素等。
抗生素对细菌性结膜炎有优良的疗效，对病毒性结膜炎的治疗虽然无效，但还有防止细菌感染。在怀孕期间，由于胎儿的不断发育，身体抵抗力会越来越弱，很容易受到病菌和病毒的侵害而引起炎症，导致眼部发炎或视力下降等症状。因此，孕妇患结膜炎的话，眼药水和眼药膏都要专人专用。另外，在用药时要注意避免使用刺激性药物和激素类眼药品种，因为激素有刺激眼部黏膜和结膜细胞生长等不良反应。
儿童有过敏性结膜炎要注意卫生。如果睛部有粘稠脓汁，要用棉花擦拭干净。注意家居卫生，要常打扫居室，减少灰尘，不要接触室外的过敏原，像花草、花粉、灰尘、霉菌和动物等。
儿童过敏性结膜炎可以用色甘酸钠眼药水、左卡巴斯汀眼药水进行治疗。儿童过敏性结膜炎的主要症状是眼睛发痒、发红，遇到特殊情况时会出现更严重的反应，此时可以选择色甘钠眼药水或左卡巴斯汀眼药水等，如果有需要，可以选择含有少量的荷尔蒙的眼药水。平时尽量避免接触到过敏源，如果孩子对花粉有敏感反应，最好避免到高花粉量的地方。