肛窦炎的主要症状一般是肛门下坠，同时有明显的排便不尽感，诱因可能与腹泻或者便秘有关，肛门镜下可以看到肛窦充血，水肿，肛门指检可以触及压痛，通常保守对症治疗。痔疮症状有很多种，包括内痔粘膜破溃引起便血。外痔血栓形成导致疼痛，严重的内痔排便时可以脱出肛门，受生活习惯影响较大。便秘，腹泻，进食辛辣食物，蹲厕时间过久，着凉，久坐不动，都对痔疮有一定的影响。症状较重的情况下一般需要手术治疗。
肛窦炎与痔疮有很多相似的症状，所以很多将这两种病混淆而出现误诊。痔疮是肛门直肠底部及肛门粘膜的静脉丛发生曲张而形成的一个或多个柔软的静脉团的一种慢性疾病。通常当排便时持续用力，造成此处静脉内压力反复升高，静脉就会肿大。而肛窦炎是指肛门齿线部的肛隐窝炎症性病变，常引起肛周脓肿，为肛门感染的常见病症，常并发肛乳头炎，使乳头肥大。同时也是化脓性疾病的重要诱因。由于症状较轻，易被病人和医生所忽视。
需要及时的进行药物或手术治疗的，肛窦炎属于炎症感染的情况，是由于细菌感染所造成的，需要使用抗生素治疗。可以到医院的肛肠科，协助检查，明确诊断，再对症治疗。平时注意饮食清淡。
肛窦炎会引起大便次数增多、里急后重等症状。在肛管直肠炎、肛窦炎与肛乳头炎初期，病人往往有排便不尽感、肛内异物感及下坠感。肛管直肠炎、肛窦炎可引起的肛门部瘙痒。主要原因是由于炎症性渗出物对肛门刺激所引起，肛门常较正常人潮湿。
肛窦炎者表现为肛门坠痛、坠胀、肛门有灼热感、排便时疼痛，进行专科检查可看到，发炎的肛窦位置的有潮红、少量炎性渗出液、甚至脓液积聚在肛窦位置。在医生指导下通过，局部药物灌注，抗感染等药物进行治疗。