主要用于泌尿系统感染，肾盂肾炎、膀胱炎、前列腺炎、睾丸炎。呼吸系统感染，咽喉炎、扁桃体炎、急性支气管炎、肺炎、肺脓肿。子宫附件炎、子宫内感染、前庭大腺炎。浅表性皮肤感染症、深层皮肤感染症。乳腺炎、肛周脓肿、外伤、烫伤和手术创伤等二次感染。泪囊炎、麦粒肿、睑板腺炎、角膜炎。外耳炎、中耳炎、鼻窦炎；牙周组织炎、牙周炎、颚炎。
治疗淋病的头孢主要有注射用头孢曲松钠、头孢克肟片等，成效显着。
淋病是一种以性传播为特征的皮肤病，可导致淋球菌的感染，以外阴或尿道口大量脓性分泌物为主，伴尿频，尿急，尿痛和腹痛，需要使用抗菌类药物进行治疗，注射用头孢曲松钠、头孢克肟片等药物的治疗效果较好。治疗期间要注意个人卫生，避免吃辛辣刺激的食物。
在服用头孢类药物时，一定要避免喝酒。双硫仑反应是由头孢类的药物和酒精共同作用引起的。患者会有胸闷、气短、喉头水肿、口唇发绀、呼吸困难、四肢乏力、恶心、呕吐、眼花、心跳加快、血压下降等，严重的还会导致过敏性休克。有时会出现反流性胃炎,病人经常会出现恶心、呕吐的现象,同时会出现饱胀感。在服用头孢类药物的7天之内，不能喝酒，也不能吃含酒精的食物。
头孢一般治疗细菌性的尿路感染。
尿路感染分为上尿路感染和下尿路感染。前者以急性肾盂肾炎为主，后者以急性膀胱炎为主。细菌性尿路感染，支原性尿路感染，淋球菌性尿路感染。细菌性尿路感染最常见。这种细菌以革兰阴性杆菌为主，因此选择抗生素时应选用广谱抗生素，以头孢类抗生素为代表。治疗期间要注意多喝水，多排尿，促进细菌排泄。
孕妇可以用头孢地尼、头孢克肟等头孢药物。
如果是上呼吸道的感染，比如泌尿系统和上呼吸道的炎症，检查血液常规显示的是白细胞和嗜酸性粒细胞的升高，可以口服抗生素进行消炎。因为是妊娠，要选择一些抗生素，这是孕妇可以服用的。如果头孢不敏感，可以口服头孢地尼、头孢克肟等；如果对不敏感的，可以口服阿莫西林，也可以通过肌肉注射。
头孢类抗生素或青霉素适用于肺炎。肺炎的用药要根据病原体的不同选择，如果是革兰氏球菌感染，可以选择头孢呋辛、头孢克洛等头孢二代抗生素。革兰氏杆菌感染时，可以选择头孢泊肟、头孢他美酯、头孢克肟等三代头孢。对于支原体、衣原体、军团菌等，应应用阿奇霉素或罗红霉素等大环内酯类药物。年龄在18岁以上的成年人可以选择喹诺酮类药物，如左氧氟沙星、莫西沙星等，但是对于一些特定的菌群。
