巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。
卵巢巧克力囊肿疾病最突出的症状就是痛经，会让出现经期腹痛的感觉，而且性交的时候也会有可能出现疼痛感，所以说出现疼痛的感觉就应该警惕起来，一般还会伴有不孕的症状出现，月经改变也比较明显，需要及时确诊和治疗，防止疾病加重很关键。
巧克力囊肿是一种子宫内膜异位症的表现形式，目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
治疗巧克力囊肿时，如果囊肿较大，可以进行保守治疗，切除囊肿组保留子宫和卵巢。巧克力囊肿不属于肿瘤，这是子宫内膜异位症的一种，一般是良性的，不会发生癌变。但是由于其特殊的部位，所以使用药物的效果不好。但是这种囊肿会随着月经周期的进行而逐渐增大。
对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，有生育要求的年轻患者，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
巧克力囊肿炎性囊肿的治疗方法，是要看囊肿的大小来决定怎么治疗的。如果是因为巧克力囊肿导致的不孕不育，那么可以手术切除。也可以到促排卵，增加怀孕几率，具体需要看囊肿的大小来综合治疗。