早期发现时可先观察避免挤压，有些囊肿可自行消退，无需处理。如无法消退则以手术切除为主要手段，将囊肿及周围手术区域内的小腺体一并切除，但缝合时仍可能将周围腺体的导管阻塞再次形成囊肿。
可以通过导航微电极介入术运用世界顶尖电子声影导航仪，将卵巢、囊肿立体定位显示，细如发丝的微电极放入囊腔，吸出囊内积液，再由微电极介入治疗系统将遏制囊肿再生的药物介入囊肿处，通过电离作用，使囊肿病灶组织细胞核抑制失活，达到治疗囊肿的目的。
粘液性卵巢囊肿复发概率一般在5％左右或者不会复发，所以复发概率不大。因为多数粘液性卵巢囊肿是良性的，来源于卵巢上皮，粘液性卵巢囊肿一般呈单房，常发生于一侧卵巢，这种卵巢囊肿进行手术切除可以切得非常干净。患者术后注重保养和休息，可以促进子宫内膜的恢复，复发的概率还会降低。因此，在行粘液性卵巢囊肿术后患者应该注意休息。
大部分都是良性的，但是有百分之10到20左右也是恶性的，做腹腔镜手术进行切除，并且在手术后还需要做化疗或放疗防止复发，在粘液腺卵巢囊肿治疗好以后，才有怀孕的可能性，不然会引起不孕。
囊肿是育龄期妇女常见的一种疾病，卵巢粘液性囊肿可以是生理性的或病理性的。生理性的囊肿无需手术而病理性的囊肿往往需要手术来明确诊断并作相应的处理。患上囊肿的时候不要对生活失去信心，只有坚强面对生活，就会有治好的一天，只要合理用药，配合医生治疗，相信病人会恢复。饮食宜清淡，饮食应富含足够的营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，不宜常食刺激性、海产品等。
腮腺囊肿不会自己恢复，腮腺一般不会引起囊肿，腮腺里的囊肿往往是鳃裂囊肿，它是一种先天发育的囊肿。不管是腮腺本身的囊肿，还是鳃裂囊肿，治疗原则都是手术治疗。如果是鳃裂囊肿，手术的时候就切开腮腺，沿着囊肿的包膜进行剥离，将囊肿完整摘除就可以了。如果是腮腺囊肿，需要摘除一定的腮腺组织，手术当中要注意保护腮腺里的面神经，防止出现临时性面瘫或者永久性面瘫。