巧克力囊肿不治会导致月经异常，月经稀少或闭经，有些病患表现月经淋漓不断；其次会影响少女形象，会出现多毛、肥胖、座疮等症状；并且还会导致不孕，多囊卵巢往往有持续性无排卵，不能自然怀孕，是女性不孕症的主要原因；最后是女性如果妊娠，妊娠高血压综合征和妊娠糖尿病的风险明显增加。
巧克力囊肿能彻底治疗好吗：用一些药物进行治疗，出现痛经，考虑跟巧克力囊肿有关系，是在医生指导下用一些药物进行调理，具体能否治疗，完全治疗，现在还不能确定。是在医生指导下进行调理，平时在生活方面也要注意多喝水，多吃青菜，少吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，三餐要规律，定期做好复查。
导致水肿。卵巢囊肿病患除了能感觉到食欲不良、体重减轻和腹部肿胀之外，还可能引起呕吐、发烧和腹部剧痛；后期甚至会导致腹部与四肢发生水肿。危害，发生癌变。卵巢囊肿增大极易发生感染、扭曲、出血或爆裂，给病患带来生命的威胁。有些肿瘤性的囊肿甚至会发生癌变。
巧克力囊肿的治疗有保守治疗和治疗性治疗，保守治疗也就是药物治疗，治疗方法不是理想的治疗方法，服药以后囊肿会变小，但是停药后就很容易出现复发。对于小的巧克力囊肿或者有生育要求的病患可以先采取药物治疗，待生过孩子后再观察是否需要进行治疗性手术。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，即有生长能力的子宫内膜组织出现在子宫腔以外部位，就是子宫内膜出现在一个不该出现的部位。长在卵巢上的异位症经常形成囊肿，因囊肿内的出血日积月累，变得象巧克力浆一样，所以称“巧克力囊肿”。
巧克力囊肿不宜吃蜂蜜、桂圆、红枣、属于热性、凝血性和含激素成分的食物，时候后会使子宫肌瘤或巧克力囊肿病症加重。禁忌食物有蟹、带鱼、青鱼、鹅肉、狗肉、辣椒、生葱、生蒜、桂圆、橘子、白酒等。饮食上宜清淡，饮食应富含足够的营养，纠正偏食及不正常的饮食习惯，配合囊-肿妇善枋贴。不宜常食刺激性、海产品等。适宜食物：牛奶、菠菜、白菜、油菜、香菇、瘦肉、鸡蛋、鲫鱼、苹果、鸭梨、大枣、花生、黑米等。
