肛肠科疾病最常见的是痔、肛瘘或肛周的疾病，其临床表现为动态变化，以及症状与体征不平行两大特点，肛肠科疾病的检查都会做一些常规的检查，包括肛门周围的视诊和触诊，然后是肛门镜检查，包括内镜、超声、CT以及化验等。
大概60元-100元之间，肛肠疾病一般需要做肛门指诊和肛门镜检查，这是肛肠科比较常用的检查，痔疮，肛裂，肛瘘，肛周脓肿，肛管息肉，直肠下段息肉，肛管尖锐湿疣等疾病都可以通过这两种检查确诊，费用相对低廉。
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肛肠科检查方式有很多种，可有肛门视诊，即用拇指轻轻分开病人的臀部，观察肛门及肛周有没有脱出物、外痔、外口、脓肿，也可以看到肛门周围有没有色素沉着，有没有裂口，如果有裂口，应该观察一下裂口的位置、裂口的种类及个数。