患有卵巢囊肿也可能导致月经不调，因为月经是由雌激素和孕酮的相互作用和相互调节来维持的。雌激素和黄体酮主要由卵巢分泌，所以当卵巢有囊肿，特别是相对较大的囊肿时，可能会影响激素分泌，从而导致月经不调。
单纯的卵巢囊肿是不影响月经的，但是恶性的就不好说。如果卵巢只是长了囊肿，没影响到卵巢功能，卵巢分泌功能还是正常的，是不会影响月经的。一旦长了卵巢囊肿，首先得做彩超，看看囊肿大小，周围的边界回声，有没有血流信号。如果是恶性的，无论大小必须马上手术，恶性的会引起不规则出血、月经不调。如果是良性的，定期复查就可以。
宫颈纳氏囊肿跟月经不调没有关系，在宫颈糜烂愈合过程中，新生的鳞状上皮覆盖宫颈腺管口，或伸入腺管，将腺管口阻塞；腺管周围的结缔组织增生或瘢痕组织形成压迫腺管，使腺管变窄甚至阻塞，腺体分泌物引流受阻、潴留形成囊肿。
月经不调右侧卵巢囊肿可以通过药物治疗、手术治疗等方法进行治疗。
如果右卵巢囊肿比较少，不需要做外科手术，可以在医生的指导下服用短期的避孕药。炎症性囊肿可以通过服用一些活血化瘀的中药来进行调理。一般在卵巢囊肿治愈后，女性经期不规律是可以自行恢复的。
当卵巢囊肿的大小超过5cm，或囊肿的增长速度快时，需要住院进行外科切除病变，主要是通过腹腔镜进行手术。
子宫囊肿一般不会引起月经不调。子宫囊肿并不是妇产科学所涉及的专业术语，通常所说的子宫囊肿多是指宫颈囊肿，是慢性宫颈炎的一种，是常见的一种妇科疾病，通常是炎症堵塞了宫颈腺体，造成腺体分泌物潴留出现的囊肿，这种情况不会影响到内分泌，因此不会影响月经。一般情况下，如果出现月经紊乱，可能与子宫肌瘤或者附件区囊肿等因素有关，日常作息不规律、压力大、情绪波动大等非疾病因素，也可能会影响到内分泌，从而引起月经紊乱。
是会引起月经不调的，巧克力囊肿的症状常见的有痛经、下腹痛、经期发热等多种，作为子宫内膜异位症的一种，巧克力囊肿除了含有子宫内膜异位症的症状外，还具有自己特定的症状。饮食宜清淡，不宜常食刺激性、海产品等。
