甲氨蝶呤可以用来治疗宫外孕，因为该药适用于早期的输卵管妊娠，要求是没有药物治疗禁忌症，输卵管妊娠未破裂或流产，输卵管妊娠包块直径不超过四厘米，无明显内出血。
此药一种抗叶酸类的抗肿瘤药，具有广谱的抗肿瘤活性，可以单独应用或者与其他的化疗药物联合使用。甲氨蝶呤可以采用不同的给药方式，口服经常用的剂量是2.5-10mg/d；如果是注射，用于绒毛膜癌常规剂量是15-30mg/d，需要肌注5天。如果是乳腺癌最大的剂量是40mg/m2，在第1天和第8天静脉给药。
甲氨蝶呤和叶酸片一般都是分开服用的，常用的服用方法就是服用甲氨蝶呤的第二天服用叶酸，如需同时服用，至少要间隔两个小时，而且尽量不要同时服用，以免影响甲氨蝶呤的药效。要单独服用才好。
类风湿关节炎是以关节受累为主的，或者伴有全身系统受累的慢性自身免疫性疾病。治疗上主要是药物治疗，治疗的药物重点是抗风湿控制病情药物，其中甲氨蝶呤是基础及锚定药物。服用的方法比较特殊，目前常用的方法是口服，每周一次，一次3-8片不等，根据病情的活动性及或者的耐受性剂量不同。并且防止药物的不良反应，应每周服用1-2片叶酸，常在甲氨蝶呤服用的前或后24小时。
甲氨蝶呤片不是激素药。甲氨蝶呤是一种抗叶酸抗肿瘤药物，但同时它也是一种免疫抑制药物。临床上它可以用于急性淋巴细胞白血病、恶性淋巴瘤、乳腺癌等肿瘤性等疾病的治疗，或者是应用于宫外孕保守治疗。
甲氨蝶呤片主要是治疗各型急性白血病，特别是急性淋巴细胞白血病、恶性淋巴瘤、多发性骨髓病；头颈部癌、肺癌、各种软组织肉瘤。除了服用期间控制自己的饮食以外，不能吃辛辣、油腻等食物，还应该注意甲氨蝶呤片有致突变性，致畸性和致癌性较烷化剂为轻，但长期服用后，有潜在的导致继发性肿瘤的危险，不要长时间的服用该药物。