月经干净后，或者月经期间都可以的，主要的检查项目包括内分泌检查、B超检查等内容。巧克力囊肿如果增长速度比较快，是需要考虑手术治疗的。当囊肿伴有出血、感染和恶性转化时，表现出异质性，CT值增加。
手术方式有开腹手术和经腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是本病比较适合的处理方法。目前认为以腹腔镜确诊、手术+药物为内异症治疗的选择。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法。
巧克力囊肿怀孕后一般会有所缓解，但是不一定会消失。为了避免巧克力囊肿的发生，女性朋友在平时要做好日常的预防工作。月经期间不要进行重体力劳动，不要吃寒凉的食物，不要进行性生活，注意保暖，特别是小腹部的保暖，要做好避孕措施，避免不必要的妇科手术。
腹部手术后不同程度都有粘连，饮食清淡低盐易消化，避免难以消化的食物及刺激性食物饮料等，避免暴饮暴食。要加强营养，注意禁止辛辣的情况，配合多食新鲜的水果蔬菜较好，观察平时的月经情况是否正常，同时建议定期配合复查彩超情况较好的，注意休息。
卵巢巧克力囊肿，属于子宫内膜异位囊肿，这类疾病可以导致不孕的发生，所以若是能怀孕，需要尽快怀孕等没有生育要求以后再考虑手术治疗，因为这类疾病很容易复发。
如果卵巢巧克力囊肿直径小于六厘米，可以暂时不予治疗，但是要按时复查，防止进一步变大。重要的是做好计划生育，减少流产次数。当大于六厘米就需要考虑手术来治疗了。没有达到手术指征的时候，可以通过中医的方法进行治疗。
