宝宝吃母乳腹泻可以遵医嘱使用药物进行治疗。
宝宝吃了母乳会拉肚子，这属于一种生理的拉肚子，因为母乳属于流食，宝宝的消化能力强，所以宝宝会有拉肚子的症状。也可能是因为对母乳的敏感引起的，可以口服一些可以调节消化道的药物，例如枯草杆菌二联活菌颗粒，但千万别乱吃，以免加重宝宝的胃肠负担。同时需要停止哺乳，可以选择用牛奶替代母乳喂养。
宝宝吃母乳腹泻，母亲的饮食要以清淡的食物为主，尽量少食用油腻食物，其次孩子可以尝试着使用脐贴来缓解一些症状。如果是情况比较严重的，可以去医院儿科进行就诊，遵医嘱进行治疗。
纯母乳三个月宝宝腹泻需要寻找原因，应该先到医院进行大便常规的检查，如果大便当中有炎症需要考虑肠炎，反复的出现肠炎需要考虑乳糖不耐受或者是肠道过敏的可能，还需要进行乳糖耐受试验或者是过敏原的检测。大便当中没有炎症应该考虑消化功能不良引起，需要减少每次喂奶的奶量增加喂奶次数，按摩腹部改善胃肠功能，可以口服肠道微生态制剂改善肠道微生态环境。
考虑孩子年龄太小，胃肠功能发育不完全，容易有消化不良的情况。可以给孩子口服补充一下肠道益生菌，如果一段时间后仍没有改善，就需要尽快带着孩子到当地正规医院儿科就医检查并治疗了。
母乳喂养的婴儿容易受妈妈饮食影响出现大便异常，婴儿现在的情况和妈妈吃东西会有关系。建议妈妈先饮食规避一段时间，不要吃生冷寒凉的食物，婴儿肚子不要受凉了，如果宝宝大便还是不好，可以化验大便看看，孩子大便好了，可以添加辅食了。
纯母乳喂养婴儿腹泻家长应及时将宝宝的大便送检：平时在家中备上一个医院化验便常规使用的便盒，不要刮取尿不湿上的大便，留取大便后需要在半小时以内送检，如果大便化验可见白细胞，多为侵袭性细菌感染，当抗生素治疗效果不好，或病情反复时，应及时做大便培养。大便化验未见白细胞，多为病毒感染或非感染性腹泻，最严重的是脱水及电解质酸碱失衡。