妇女孕中、晚期查彩超时，胎儿颅内囊肿明显，此时应考虑羊水穿刺以进一步诊断囊肿性质。
若是真的羊水穿刺不正常，同时考虑到胎儿畸形的话，那么就要尽早引产来终止妊娠了，毕竟胎儿畸形生产分娩之后痊愈的可能性相对较小，并且费用也是特别大的。如胎儿颅内囊肿相对较小，羊水穿刺正常，则可考虑继续怀孕，同时追踪复查彩超观察囊肿大小改变。
若囊肿直径大于5厘米，则多为卵巢肿瘤，一般需要手术治疗，囊肿比较大，若没有任何不适，可以暂缓手术，也可以现在就手术。不要剧烈运动，在月经干净后到医院检查B超，了解囊肿情况，必要时看情况使用药物对症治疗。
颅内囊肿如果是继发性的，脑囊肿一般指蛛网膜囊肿、皮样囊肿和上皮样囊肿。均属良性病变，也可有头疼等症状。一般药物只能对症治疗，不能消除囊肿。可定期复查对比。囊肿较大或症状较重时可手术切除。要看如果比较小，可以观察，囊肿大有压迫症状所以经常有头痛，头晕，癫痫等，是会影响学习和生活的。如果不及时治疗，会严重影响生活。比如出现颅内压增高，头痛，恶心、呕吐，会引起癫痫等，或者可能出现脑积水等。如果有明显症状和占位较大的话，需要手术治疗。
颅内囊肿跟脑瘤是不同的疾病，囊肿属于良性的占位，而脑瘤是指脑部的肿瘤。囊肿也有很多不同的类型，最常见的是蛛网膜囊肿，囊肿如果小对于身体的健康没有影响，也很少出现持续的增大。而脑瘤有良性肿瘤，也有恶性肿瘤，会出现持续的增长，甚至可以危及生命。
对于无症状的，可以不用治疗，而采取定期复查肾脏B超。如果出现了腰部疼痛、排尿异常等，且肾囊肿直径在5cm以上，可采取手术治疗。直径超过4厘米比较大的囊肿，可考虑穿刺抽液。
