一般比较早期的囊肿在其比较小的时候，可以通过局部制动、按摩的方法消除。当囊肿逐渐长大后可以先尝试用力按压挤破囊肿，可也以暂时消除，但是一般容易复发。如果囊肿生长部位不影响患者生活，也可以不做处理。
在中医理论中有肝肾同源之说，那么针对肾囊肿有作用的中药治疗方式也可以用到肝囊肿的治疗中来，因为肝囊肿或肾囊肿的治疗上不能只求活血通络带动囊内液体的传送，还要抑制囊壁上皮细胞继续分泌液体。这样才能起到好的治疗效果。
肝脏囊肿多是采用手术进行治疗，但是不同症状选择的手术也是不同的。这样才能准确穿刺到经皮囊肿囊液，操作相对比较简单，但是一定要严格采取无菌技术，避免囊内出现血和脓肿，所以要选择正规医院进行治疗。肝脏囊肿还可以采用囊肿摘除术，多用于容易剥离的单发性囊肿患者，治疗会更彻底。
肝囊肿的检查首选b超，可以看到囊肿的大小，数量。不用处理平时生活饮食要注意，不饮酒吸烟。规律生活，不熬夜不过度劳累饮食上以清淡食物为主，不暴饮暴食，多吃新鲜水果蔬菜，补充维生素C。
针对于肝脏中可以放心是属于一种良性的囊肿，但需要囊肿直径小于三厘米，定期进行随诊复查就可以，可以适当的根据临床症状，选择对症应用药物进行治疗，同时还需要定期进行随诊复查，如果短期内快速生长或者临床具有手术指证还需要注意适当的选择手术进行治疗。手术切除效果较好，可不需特殊治疗，但对大的而又出现压迫症状者，应给予适当治疗。肝囊肿的治疗方法包括囊肿穿刺抽液术、囊肿开窗术、囊肿引流术或囊肿切除术等。