中医对于治疗阵发性睡眠性血红蛋白尿是没有明显的治疗效果的，中医只是起到一定的体内内环境的调节作用。对于阵发性睡眠性血红旦白尿的治疗还是选择西医治疗，常规治疗主要是控制溶血发作。长期血红蛋白尿可导致缺铁。铁剂可使活性氧产生，PNH细胞对氧化损伤很敏感，易诱发血红蛋白尿。肯定缺铁后应从小剂量开始治疗，仍有反应者应停用。输血除能提高血红蛋白，维持组织需氧，尚能抑制红细胞生成，间接减少补体敏感的红细胞。
当出现蛋白尿时，首先应注意平时的饮食，应该吃优质低蛋白饮食，避免高蛋白食物的摄入。如果有高血压或者糖尿病病史，需要严格控制血压及血糖，使其达到标准水平，可联合应用一些降低尿蛋白、保护残余肾功能的药物，如果是不明原因的蛋白尿，需要查明其原因，通常需要完善肾穿刺活检以明确病理分型有利于进一步指导治疗。
儿童阵发性睡眠性血红蛋白尿属于免疫系统疾病。这种疾病相对较慢。最初的症状大多是不同程度的贫血。大多数患有血红蛋白尿，尿液颜色为酱油或棕色。一般认为华法林衍生物，一种抗凝血药物，可用于相关的有效治疗。
蛋白尿需要根据不同的病因予以相应治疗，蛋白尿是多种肾脏疾病的常见临床表现，平时注意避免过高蛋白饮食，注意避免可能导致肾损害的药物：如解热镇痛药、部分抗生素和不明成分中药。
首先是明确蛋白定量的多少以及什么原因引起来的蛋白尿。临床上遇到尿蛋白阳性的，首先是检查24小时尿蛋白定量，如果是小于1克属于小量蛋白尿，可以应用保护肾脏acei和arb类的药物去治疗。
需要长期治疗，早期使用药物治疗，严重时需要激素联合细胞毒类药物治疗。蛋白尿多见于急性肾炎、慢性肾炎等情况，如果是急性肾炎所引起的蛋白尿，是可以自愈的，因此是可以治好的。如果是慢性肾炎，包括各种继发性肾病等，所引起的蛋白尿，则可以控制症状，缓解病情，很难治愈。