目前我国儿童肾小球肾炎发病率较低，治疗主要根据致病原因、疾病类型、病情严重程度。
目前治疗肾炎的药主要有：免疫抑制剂、抗感染药、利尿剂、降压药、降脂药、抗凝药、血小板聚集药、保肾排毒药等，医生根据患者的具体情况及化验指标变化调整药物种类和剂量。急性期患者要卧床休息，症状明显的患者卧床4-6周，血压平稳、水肿消退、肉眼血尿消失、尿常规及其他检查正常后可逐步活动。
肾小球肾炎的治疗需要确定病人是急性肾小球肾炎还是慢性肾小球肾炎。对于急性肾小球肾炎，通常治疗链球菌感染。大多数病人在三到四周内恢复。慢性肾小球肾炎通常需要肾活检。根据24小时尿蛋白定量，肾活检病理决定是否使用激素或激素联合免疫抑制疗法。
轻度系膜增生肾小球肾炎能治疗，系膜增生性肾炎的治疗要针对免疫发病机制的治疗，常包括糖皮质激素及免疫抑制剂治疗。血液净化治疗如血浆置换、免疫吸附等有效清除体内自身抗体和抗原抗体复合物。
对于绝大多数肾小球肾炎患者来说是可以泡脚的，尤其是病情稳定，病情稳定是指尿蛋白定量正常，没有高血压，没有水肿，肾功能正常，此时患者泡脚能够促进血液循环，同时能够帮助睡眠，对肾小球肾炎患者来说是有利的。
肾小球肾炎治疗首先要从抗感染治疗入手，有原发性疾病应当首先治疗原发性的疾病。如果患者伴有高血压或者心力衰竭，应当做降低血压的处理，然后再清除水钠的潴留，还要降低患者的血容量。
艾灸治疗慢性肾炎可取穴，脾俞穴、肾俞穴、膀胱俞穴、三阴交穴、足三里穴、气海穴、太溪穴。艾灸可能具有清热解毒的作用，但是对于肾小球肾炎没有治疗价值。肾小球肾炎如果与免疫功能紊乱有关，往往需要使用糖皮质激素或者激素联合免疫抑制剂，以抑制肾小球内的异常免疫反应，保护肾脏组织，减少尿蛋白。