首先应确诊为化脓性感染，形成脓腔，结核性冷脓肿无混合性感染时，不做切开引流。保证脓腔引流通畅，切口需做在脓腔的最低部位，切口必须够大，可做一到两个对口引流。切开时不能损坏重要血管、神经，颜面部切开引流应注意尽可能不损坏面容。切口部位的选择，注意愈合的瘢痕不影响该处的功能，尤其是手指的触觉，手的握力，足的负重及关节的运动功能等。
肛周脓肿的病人在手术以后要观察创面敷料的渗出情况，如果有明显的敷料或者纱布浸透，应该及时进行更换。并且换药的时候要彻底探查到内口，避免内口假性愈合形成残腔，清除创面的脓性分泌物，选择纱布或者抗菌素纱布填塞，无菌敷料包扎。
肛周脓肿切开引流术后主要注意的是保护引流处的干结，大便后需要及时的伤口清洗或换药，同时还可以适当口服一些消炎药物，预防引流处的炎症加重。暂时不能洗澡的，因为洗澡后有可能导致创面的感染加重。肛周脓肿切开引流术后暂时不会引起肛瘘的。
肛周脓肿切开引流术，是针对肛周脓肿已经成脓期患者开展的手术。具体做法在肛周脓肿，脓腔波动最明显处取切口，将里面脓液及血性分泌物充分引流出来。根据脓腔范围的大小，可在里面放置引流条或引流管，术后要进行脓腔清洗、换药。
做完肛周脓肿切开引流术后，首先需要注意肛门的卫生，可以每天用一些消毒液，并且需要配合应用抗生素来杀菌消炎，控制感染，同时要避免吃辛辣等刺激性的食物，还要尽量避免吃含渣量高的食物，造成大便量多，刺激伤口，影响愈合。
肛周脓肿的治疗方法主要是手术切开排脓，后形成肛瘘。等4个月后在做肛瘘手术。但有时低位脓肿也可以把两次手术合成一次做，这需要根据实际情况确定。肛瘘的手术主要分为切开和挂线术，轻的2到3周愈合，重的一两个月，有的需要二次手术。
