该病是先天性疾病，外观看不见肛门在何位置。可根据类型选择腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术等。如肛膜较厚者，可切开皮肤和直肠，将直肠粘膜下牵，与皮肤缝合。术后扩肛，每周2～3次，直至肛门无狭窄为止。
新生儿出生后，会由医师进行结扎断脐。
新切的脐带残端通常是潮湿的，会有少量的渗出，在经过消毒后可以用棉花或无菌棉进行加压。脐带残端在几天后会迅速变干变黑，一星期后会自动掉落，半个月之内就会自动掉落。在脐带残端干燥前，要定期进行碘伏、双氧水的杀菌，避免引起脐炎。如果孩子的脐带很久没有脱落，并且在两个星期内没有脱落，如果没有红肿、渗液，可以进行进一步的检查。如果已经持续两个星期以上，或是出现了红肿、渗液等症状，应立即就医，由医师自行解决。
产后由于产妇生产时用力过度而导致痔疮脱出肛门外。或者形成嵌顿性混合痔。由于产后需要哺乳的原因，并且由专业的将脱出的痔疮肿物送回肛门内。症状严重时还可以选择局麻下进行手术切除治疗。
小儿的鞘膜积液，需要考虑手术治疗，采用沿着腹股沟方向做斜切口或下腹部做横切口，手术处理皮下隔层，由于鞘状突到内环处，结扎鞘状突。鞘膜囊肿内的积液需要经过手术开创或者针头穿刺来对液体进行排出。
在现阶段，尽快进行阶段作业以达到完全恢复的效果是正常的。另外比如是存在有做事早期的进行若是训练场手术的方法来达到实现完全康复的效果，或者说存在有弱视，早期的进行弱视训练是非常的关键的。大多数是可以达到完全恢复的。
一经诊断，根据情况选择行合适的手术治疗。低位无肛未合并瘘管者或者瘘管极细无法维持排便排气者，可行会阴肛门成形术。低位型合并直肠舟状窝瘘、直肠皮肤瘘、肛门狭窄和瘘管较粗着可先行扩肛。
