妊娠期间甲减对孕妇的作用与甲减的严重程度有关，遗传的甲减会对胎儿的发育造成一定的不良反应，从而造成胎儿的生长发育滞后，甚至有可能造成流产的危险。
亚临床甲减是不是引起怀孕的原因，目前还没有定论，但在怀孕初期出现甲减，特别是临床性甲减，会对胎儿的长期智能产生一定的负面作用。总之，妊娠期间甲减对胎儿的影响，与怀孕期间的甲减有很大关系。
通常情况下，患有甲减对胎儿有影响。
甲状腺功能减退对胎儿有影响，如果甲状腺功能分泌不足，则可能导致胎儿智力低下，患儿会出现表情迟钝的现象。因此如果患有甲状腺功能减退症的女性怀孕，必须注意调整和补充，使甲状腺激素分泌达到正常水平，因为甲状腺功能减退症影响胎儿和孕妇。患者平时应补充富含蛋白质的食物，有利于提高身体的抵抗力，忌食辣椒、浓茶、浓咖啡等温热或具有刺激性的食物。
对孕妇来说，妊娠期临床甲减可增加不良妊娠结局的风险，如早产、流产、胎盘早剥、低体重儿等，同时，它还可影响宝宝的智力发育、神经反应能力及运动能力等。由于妊娠期母体对甲状腺激素的生理需求增加，有可能会发生妊娠期合并甲状腺功能减退。母体的甲状腺素一旦减少，可不同程度地影响到胎儿的脑部发育，且这种损害多是不可逆的，表现为日后儿童期患儿身材矮小、智力低下，即俗称的“呆小症”。
患有甲减怀孕对胎儿没有太大的影响。有孕妇害怕药物对胎儿有影响会盲目停药，其实甲状腺激素分泌不足才可能影响胎儿大脑发育的，而且出生后生长也会比别的孩子相对缓慢很多。甲减主要是使用左甲状腺素进行治疗，而左甲状腺素并不会通过胎盘被胎儿吸收，所以不会影响到胎儿的生长发育和智力发育。因此，患有甲减的孕妇服用药物利是大于弊的，建议及时观察病情，可以在医生的指导下减少药物的剂量。
甲减是可以治疗的，但是需要规律全程的用药，一旦患上甲减，最常见的主要症状为消瘦或肥胖，脾气暴躁，女性可能会有月经失调等情况出现，如果确诊为甲状腺功能减退，需要及时治疗，以免造成不孕等情况的出现，在甲减治疗期间，应该注意少吃海带以及紫菜类食物，避免影响甲状腺功能，应该做好定期的复查工作，根据病情随时增减药物。
由于胎儿大脑发育所需的甲状腺激素主要来自母亲，孕妇甲状腺功能减退会影响胎儿神经系统的正常发育，导致胎儿智力发育障碍和出生智力低下，尤其是妊娠期间对胎儿神经系统发育是有影响的。