腱鞘囊肿多数病例不导致明显症状，因此，没有必要进行特别处理，但必须主动重视休息，忌重复推拿按摩局部。
一旦出现了较大的积液就应该及时就医检查。若更小，很可能自己就没了。一旦出现了巨大型的或者较大型的腱鞘瘤，则很容易导致患者发生严重的疼痛等一系列的不适，因此必须及时的去医院就诊，明确诊断后才能对症治疗。如囊肿较大，多数时候，失踪的概率较低，需主动操作。
卵巢囊肿分为生理性和病理性。生理性的比较小，会随着月经周期消失，不需要处理，密切随访就行，月经期避免长期久坐，注意腹部和腰部保暖。病理性的不会消失，要手术切除。对于育龄期的妇女，发现卵巢囊肿后，进行B超检查，如果为无回声没有分隔，先观察2到3个月，再复查彩超，囊肿持续增大，直径超过5公分，应进行手术治疗。
腱鞘囊肿若无明显症状，无需特殊处理，并注重休息，忌久站久走，忌手指、手腕用得太多，同时切忌重复揉搓按摩，部分腱鞘囊肿可消失，约三至四周。对于较大的腱鞘炎性囊肿可采用局部药物注射和切开引流的方法来达到治愈的目的。若腱鞘囊肿渐大，手术切除可考虑。
此外，腱鞘囊肿患者应该注意避免摩擦患处，以免加重病症，不利于腱鞘囊肿恢复。
不治疗的话是不会自行消失的，治疗的方式主要取决于腱鞘囊肿的大小。如果比较小，对于关节活动没有影响，可以进行保守治疗。如果腱鞘囊肿比较大，对关节的活动有影响就需要进行手术治疗。
卵巢囊肿要看其大小，是否带蒂，如果囊肿较大，可以导致周围组织压迫症状，如果发生蒂扭转，可能导致急腹症的，要及时手术处理的。如果囊肿很小，经过动态复查生长不快，可以继续观察看看的，暂时不用处理。
卵巢巧克力囊肿是不太可能自行消失的。巧克力囊肿是肿块但并非是肿瘤，如果囊肿较小，不会影响怀孕，如果较大直径达到或超过3厘米者，应及时采取治疗。手术去除后才能考虑怀孕。
