肾脏萎缩一般都是各种原因导致的慢性肾脏疾病，是一个逐渐进展的过程。比如肾动脉狭窄，肾结核或者高血压肾病、糖尿病肾病或者慢性肾炎，病程一般都是几年或者十几年，这些情况都是不能改善或者治愈的，治疗的目的在于延缓萎缩的程度和幅度，延缓肾功能恶化的速度，尽可能的保持健存的肾单位能够完成肾脏的排水和排毒功能，避免过早进入尿毒症阶段。
常见的就是肾动脉狭窄，如果肾功能还残存不少，可以在其中放入支架来改善肾脏的血液供应。肾脏萎缩提示肾的功能已经下降，但是具体还有多少，还有没有治疗价值，需要行双肾ECT检查。
已经缩小的部分是不能恢复的，治疗病因来延缓肾萎缩，常见的原因是慢性肾小球肾炎，早期的慢性肾小球肾炎，往往需要使用激素或者是激素联合免疫抑制剂治疗。如果是糖尿病肾病，需要控制血糖。如果是高血压肾病，需要控制血压。如果是泌尿系统结石引起的问题，需要可能需要手术祛除结石。
对于肾萎缩情况，主要是找到肾萎缩的原因，积极的保护肾功能的药物治疗。肾萎缩患者会出现恶心呕吐，乏力，贫血等。并且还可能伴有脚部浮肿，有的患者还会腰疼得厉害，不能长期久坐。
在临床上，肾萎缩没有治疗方法，只能缓解肾脏继续萎缩的进程。由于肾衰竭在临床上的症状不明显，一般发现时情节就已经比较严重了。如果是单侧的肾脏萎缩，可以考虑采用手术切除的方法。但是如果是双侧的肾脏萎缩，就只能根据引起肾萎缩的原因，采取不同的手段缓解肾脏的持续性衰竭。