做超声内镜检查时间长短，与病情轻重和操作者技术水平有关，一般单纯的经直肠前列腺检查约两分钟，经直肠前列腺穿刺活检，由于操作程序较复杂，穿刺针数为8-10针，整个过程约半小时。
超声内镜是有一定的痛苦，主要是会引起病人有异常恶心，大部分病人也能够耐受。是目前进行内部检查最准确的检查方法。通过超声内镜可以明确是否有胃炎、胃溃疡、胃部肿瘤等表现，也可以进行胃镜下治疗。
这种检查其实和传统意义的胃镜检查方式和方法一样。通过一根胃镜管子从口腔中插入，在胃中可视下做详细检查。只是比普通胃镜多了超声功能，但本身超声功能没有特殊的痛苦，所以如果本身没有心脏病、高血压等疾病，一般都是可以耐受的，不必过于担心。需要强调一点的是和做普通胃镜一样，检查前一定要保证八小时不吃不喝，要用胃粘膜的最好状态来应对超生内镜的检查，
超声波内窥镜是用一根超声波探针固定在胃镜的前面，具体内容如下：
头部会比较坚硬，弯曲度也会很低，有些超声波胃镜会更大一些，这样就不舒服了。需要进行一些镇静或者是止痛的治疗。有些病人承受不住，可能要打麻药。一日三餐定时适量，早餐要吃饱，午餐要吃好，晚餐要吃少，避免吃得多、吃得快，改变吃零食、吃夜宵等不良饮食习惯。
养成良好的生活习惯，戒烟戒酒，多参加体育锻炼，提高机体抵抗力。
超声内镜和胃镜的区别有以下几点：
1、胃镜的探测范围只能看到患病处的表面，而超声内镜的探测范围可以看到患病处的内部情况，病情的恶化程度等。
2、胃镜的费用比超声内镜要便宜很多，因为超声内镜所需的技术和精确度更高，所以需要花费的费用也更高。
3、胃镜无法根据检查结果判断病症发病发原因以及病症的扩散方向，而超镜内镜可以了解肿瘤起源的层次及扩散方向。
做胃部超声内镜的注意事项如下：
在做胃部超声内镜检查前，需要患者禁食十二小时，避免影响检查结果，还需患者保持良好的情绪，不要过度紧张。在做完超声内镜后，患者需要等待一段时间后才可进食，可以先从食用一些流食，逐渐恢复后再正常进食。还需要患者把自身相关资料带给医生查看，以方便医生进行针对性检查。
建议患者在检查后注意休息，不要立即进食，避免误吸或呛咳的情况发生。