输精管堵塞的原因可能是属于先天性的发育异常，如果输精管发育不良，附睾发育异常，都有可能会导致输精管堵塞。还有可能是双侧附睾结核，附睾炎，血丝虫病都有可能会导致输精管发炎，形成一定的瘢痕组织，导致输精管管腔闭塞。
引起输精管道阻塞的常见原因有以下几种：泌尿生殖系统的感染，如附睾炎、前列腺炎、精囊炎或附睾输精管结核等，造成输精管道梗阻，以附睾与输精管连接部较多见。如附睾肿瘤、精囊肿瘤、前列腺肿瘤等，均可造成输精管道阻塞。
输精管堵塞，首先可能会造成男性的不育，因为精子不能通过输精管排出。另外，会造成睾丸的萎缩，还有就是会引起并发症，比如睾丸缩小等。另外，还会对病人的心理造成很大的阴影。
输精管先天未发育或发育不良、与附睾不相通等，常伴精囊不发育，致精液量少，无精子。炎症性狭窄：各种致病菌使输精管发炎，形成瘢痕，致管腔闭塞。严重者致无精症。肿瘤：来自输精管本身或邻近器官肿瘤压迫所致管腔不通，也是造成无精症的原因之一。
输精管阻塞分为先天性和后天两种，主要表现为精少。
输精管是先天性的，只有在有睾丸和射精管的地方才会出现。先天性的输精管缺如或者闭锁、现在性的附睾发育不良、睾丸附睾不连接、先天性精囊和射精管缺失等。后天性输精管阻塞是指因炎症导致的输精管阻塞。如果出现输精管堵塞，则会出现精液中没有精子或精子，睾丸形状正常，体积较小，质地较好，如果是男性，则会出现输精管、附睾、输精管，如果触觉不正常，fsh值一般不会升高。临床上又称假性无精子症，主要表现为精液中没有精子，精子数量很少，睾丸的形状和体积不大，质地基本正常。结果显示，附睾、输精管均有明显的异常，FSH值在正常范围内或略有升高。