子宫内膜异位卵巢巧克力囊肿可以怀孕，但是怀孕的几率比较低。如果巧克力囊肿的周围没有粘连，输卵管通畅，卵巢有排卵，就能够怀孕。如果巧克力囊肿形成的时间较长，囊肿内反复出血，输卵管卵巢周围粘连严重，输卵管伞端粘连包裹，输卵管不通畅，就不能够怀孕。
卵巢子宫内膜移位囊肿，可以结合临床症状对症治疗，可以在医生指导下配合活血化瘀药物治疗，可以去医院中医科进行辩证治疗。平时要注意个人卫生，养成良好的生活习惯，饮食行为很不要吃油腻食物和油炸食物，控制体重在正常范围，不要吃非季节性蔬菜水果，不要吃含有激素的食物。
子宫内膜异位和卵巢巧克力囊肿的主要症状都是以痛经为主，就是每次来月经的时候都有疼痛，而且痛经的症状表现为越来越剧烈，而且随着时间的推移，痛经的症状越来越严重。如果子宫内膜异位到盆腔、卵巢或者是输卵管中，会引起巧克力囊肿。子宫内膜异位可能会导致不孕不育。巧克力囊肿会表现为月经过多或月经不规则等表现，妇科检查可以发现卵巢增大，通过B超检查可以看到比较典型的卵巢囊肿的征象。
子宫内膜异位症是指子宫内膜组织出现在子宫体以外的部位均称为子宫内膜异位症，异位子宫内膜可侵犯全身的任何部位如脐膀胱肾输尿管肺胸膜乳腺，甚至于手臂大腿处，而卵巢巧克力囊肿又称卵巢子宫内膜异位囊肿，它主要是由于一位的子宫内膜指种植在卵巢的体质内形成了单个和多个的囊肿，囊肿多呈灰蓝色，陈旧性的血液在囊内聚集形成了咖啡色样的粘稠液体是巧克力样是们俗称为卵巢巧克力囊肿。
卵巢巧克力囊肿也就是子宫内膜异位导致的，这种疾病很难治好的，即使手术也难以彻底清除，现在如果没有比较大的包块，可以继续用药物抑制月经来潮，至少六个月，可以减少复发，另外注意饮食清淡。
卵巢巧克力囊肿是子宫内膜移位症的一个类型，主要表现为痛经，持续性下腹痛，月经不调，不孕。发病原因主要有内分泌因素，多次流产，输卵管堵塞，性生活频繁，还有一部分是生理因素。